Metrikler
Yayın
71
Açık Erişim
21
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
Duyurular & Dokümanlar
Dosya İndir
Eğitim Bilgileri
2007 - 2010
2007 - 2010Doktora
Koç Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Hesaplamalı Bilimler Ve Mühendislik (Dr), Türkiye
2005 - 2007
2005 - 2007Yüksek Lisans
Koç Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Hesaplamalı Bilimler Ve Mühendislik (Yl) (Tezli), Türkiye
2000 - 2005
2000 - 2005Lisans
İstanbul Teknik Üniversitesi, Kimya-Metalurji Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, Türkiye
Yaptığı Tezler
2010
2010Doktora
Multi-scale analysis and prediction of protein-protein interactions
Koç Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Hesaplamalı Bilimler Ve Mühendislik (Dr)
2007
2007Yüksek Lisans
Characterization and analysis of protein-protein interfaces
Koç Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Hesaplamalı Bilimler Ve Mühendislik (Yl) (Tezli)
Araştırma Alanları
Bilgisayar Bilimleri
Biyoenformatik
Biyohesaplama
Yaşam Bilimleri
Biyoinformatik
Biyoenformasyon
Temel Bilimler
Mühendislik ve Teknoloji
Akademik Ünvanlar / Görevler
2019 - Devam Ediyor
2019 - Devam EdiyorDoç. Dr.
Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü
2016 - 2019
2016 - 2019Dr. Öğr. Üyesi
Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü, Sağlık Bilişimi Anabilim Dalı
2014 - 2016
2014 - 2016Öğretim Görevlisi Dr.
Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü
2010 - 2014
2010 - 2014Araştırma Görevlisi
Massachusetts Institute of Technology, School Of Engıneerıng, Bıologıcal Engıneerıng
2005 - 2010
2005 - 2010Araştırma Görevlisi
Koç Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Hesaplamalı Bilimler Ve Mühendislik (Dr)
Yönetilen Tezler
2021
2021Doktora
Quantitative proteomics analysis of clear cell renal cell carcinoma for the identification of diagnostic and prognostic biomarker panels
TUNÇBAĞ N. (Danışman)
A.ŞENTÜRK(Öğrenci)
2021
2021Yüksek Lisans
Cancer driver subnetwork identification by network dismantling methods
TUNÇBAĞ N. (Danışman)
F.ÜLKEM(Öğrenci)
2021
2021Doktora
Integrative network modelling of drug responses in cancer for revealing mechanism of action
TUNÇBAĞ N. (Danışman)
Ş.ÜNSAL(Öğrenci)
2020
2020Yüksek Lisans
Tekil amino asit mutasyonlarının proteın işlevleri üzerindeki etkisinin yapısal ve anotasyon odaklı yaklaşımla tahmini.
TUNÇBAĞ N. (Danışman)
F.Cankara(Öğrenci)
2019
2019Yüksek Lisans
Biological network modeling based on differentially expressed proteins in a bacilysin-deficient strain of Bacillus subtilis
Özcengiz G., Tunçbağ N. (Eş Danışman)
M.Kutnu(Öğrenci)
2019
2019Yüksek Lisans
Modeling the tumor specific network rewiring by integrating alternative splicing events with structural interactome
Tunçbağ N. (Danışman)
H.CANSU(Öğrenci)
2019
2019Yüksek Lisans
Integrative Network Modelling Of The Dasatinib Treatment In Glioblastoma Stem Cells
TUNÇBAĞ N. (Danışman)
G.SENGER(Öğrenci)
2019
2019Yüksek Lisans
3D spatial organization and network-guided comparison of mutation profiles in glioblastoma
Tunçbağ N. (Danışman)
C.DİNÇER(Öğrenci)
2018
2018Yüksek Lisans
Structural mapping and network analysis of patient-specific mutations in glioblastoma
TUNÇBAĞ N. (Danışman)
T.KAYA(Öğrenci)
2017
2017Yüksek Lisans
Beyin yaşlanması ve alzheimer hastalığının transkriptomik ağ analizi.
SOMEL M. (Eş Danışman), TUNÇBAĞ N. (Eş Danışman)
P.Parvizi(Öğrenci)
2017
2017Yüksek Lisans
Transcriptomic network analysis of brain aging and Alzheimer's disease
SOMEL M. (Eş Danışman), TUNÇBAĞ N. (Eş Danışman)
P.PARVIZI(Öğrenci)
2016
2016Yüksek Lisans
Reconstruction of the temporal signaling network in salmonella-infected human cells
AYDIN SON Y. (Eş Danışman), TUNÇBAĞ N. (Eş Danışman)
G.BUDAK(Öğrenci)
Tasarladığı Dersler
Yüksek Lisans
Yüksek Lisans
Structural Bioinformatics
Tunçbağ N.
Programming for Informatics
Tunçbağ N.
Makaleler
Tümü (39)
SCI-E, SSCI, AHCI (37)
SCI-E, SSCI, AHCI, ESCI (38)
ESCI (1)
Scopus (39)
2024
20241. Unveiling hidden connections in omics data via pyPARAGON: an integrative hybrid approach for disease network construction
Arici M. K., Tuncbag N.
Briefings in Bioinformatics
, cilt.25, sa.5, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
20242. Review: Cancer and neurodevelopmental disorders: multi-scale reasoning and computational guide
Nussinov R., Yavuz B. R., Demirel H. C., Arici M. K., Jang H., Tuncbag N.
Frontiers in Cell and Developmental Biology
, cilt.12, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
20233. Neurodevelopmental disorders and cancer networks share pathways, but differ in mechanisms, signaling strength, and outcome
YAVUZ B. R., Arici M. K., Demirel H. C., Tsai C., Jang H., Nussinov R., et al.
npj Genomic Medicine
, cilt.8, sa.1, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
20234. Neurodevelopmental disorders, like cancer, are connected to impaired chromatin remodelers, PI3K/mTOR, and PAK1-regulated MAPK
Nussinov R., YAVUZ B. R., Arici M. K., Demirel H. C., Zhang M., Liu Y., et al.
Biophysical Reviews
, cilt.15, sa.2, ss.163-181, 2023 (ESCI, Scopus)
2022
20225. Comparative biological network analysis for differentially expressed proteins as a function of bacilysin biosynthesis in Bacillus subtilis
Kutnu M., İşlerel E. T., TUNÇBAĞ N., ÖZCENGİZ G.
Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro
, cilt.14, sa.5, ss.99-110, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
20226. Functional stratification of cancer drugs through integrated network similarity
Beyge S. U., TUNÇBAĞ N.
NPJ SYSTEMS BIOLOGY AND APPLICATIONS
, cilt.8, sa.1, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
20227. Mechanism of activation and the rewired network: New drug design concepts
Nussinov R., Zhang M., Maloney R., Tsai C., YAVUZ B. R., TUNÇBAĞ N., et al.
MEDICINAL RESEARCH REVIEWS
, cilt.42, sa.2, ss.770-799, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
20228. Computational approaches leveraging integrated connections of multi-omic data toward clinical applications
DEMİREL H. C., Arici M. K., TUNÇBAĞ N.
MOLECULAR OMICS
, cilt.18, sa.1, ss.7-18, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
20219. Epithelial Wnt secretion drives the progression of inflammation-induced colon carcinoma in murine model
Degirmenci B., Dincer C., DEMİREL H. C., Berkova L., Moor A. E., Kahraman A., et al.
ISCIENCE
, cilt.24, sa.12, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202110. Performance Assessment of the Network Reconstruction Approaches on Various Interactomes
Arici M. K., TUNÇBAĞ N.
FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES
, cilt.8, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202111. Epitranscriptomics of ischemic heart disease-the IHD-EPITRAN study design and objectives
Sikorski V., Karjalainen P., Blokhina D., Oksaharju K., Khan J., Katayama S., et al.
International Journal of Molecular Sciences
, cilt.22, sa.12, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202112. Impaired inhibitory GABAergic synaptic transmission and transcription studied in single neurons by Patch-seq in Huntington's disease
Paraskevopoulou F., Parvizi P., Senger G., TUNÇBAĞ N., Rosenmund C., Yildirim F.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
, cilt.118, sa.19, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202113. The overexpression of DNA repair genes in invasive ductal and lobular breast carcinomas: Insights on individual variations and precision medicine
Mohamed R., Bargal S. A., Mekawy A. S., El-Shiekh I., TUNÇBAĞ N., Ahmed A. S., et al.
PLOS ONE
, cilt.16, sa.3, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201914. 3D spatial organization and network-guided comparison of mutation profiles in Glioblastoma reveals similarities across patients
Dincer C., Kaya T., Keskin O., Gursoy A., Tunçbağ N.
PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY
, cilt.15, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201915. Systems-level Analysis Reveals Multiple Modulators of Epithelial-mesenchymal Transition and Identifies DNAJB4 and CD81 as Novel Metastasis Inducers in Breast Cancer
Kagiali Z. C. U., Sanal E., Karayel O., Polat A. N., Saatci O., Ersan P. G., et al.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
, cilt.18, sa.9, ss.1756-1771, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2018
201816. Comparative phosphoproteomic analysis reveals signaling networks regulating monopolar and bipolar cytokinesis.
KARAYEL Ö., ŞANAL E., GIESE S., Üretmen K., POLAT A., HU C., et al.
Scientific reports
, cilt.8, ss.2269, 2018 (SCI-Expanded, Scopus)
2018
201817. A Structural Perspective on the Modulation of Protein-Protein Interactions with Small Molecules.
Demirel H. C., Dogan T., Tuncbag N.
Current topics in medicinal chemistry
, cilt.18, ss.700-713, 2018 (SCI-Expanded, Scopus)
2018
201818. Phylogenetic and Other Conservation-Based Approaches to Predict Protein Functional Sites.
ATAS H., Tuncbag N., Doğan T.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
, cilt.1762, ss.51-69, 2018 (Scopus)
2017
201719. Functional Constraints on Replacing an Essential Gene with Its Ancient and Modern Homologs
Kacar B., Garmendia E., TUNÇBAĞ N., Andersson D. I., Hughes D.
MBIO
, cilt.8, sa.4, 2017 (SCI-Expanded, Scopus)
2017
201720. Genome-Scale Networks Link Neurodegenerative Disease Genes to α-Synuclein through Specific Molecular Pathways.
KHURANA V., PENG J., CHUNG C., AULUCK P., FANNING S., TARDIFF D., et al.
Cell systems
, cilt.4, 2017 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201621. Network Modeling Identifies Patient-specific Pathways in Glioblastoma.
Tuncbag N., MILANI P., POKORNY J., JOHNSON H., SIO T., DALIN S., et al.
Scientific reports
, cilt.6, ss.28668, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201622. The potential impact of recent developments in three-dimensional quantitative interaction proteomics on structural biology
TUNÇBAĞ N., Gursoy A., Keskin O., NUSSINOV R.
EXPERT REVIEW OF PROTEOMICS
, cilt.13, sa.5, ss.447-449, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201623. Predicting Protein-Protein Interactions from the Molecular to the Proteome Level
Keskin O., Tunçbağ N., Gursoy A.
CHEMICAL REVIEWS
, cilt.116, ss.4884-4909, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201624. Network-Based Interpretation of Diverse High-Throughput Datasets through the Omics Integrator Software Package
Tuncbag N., Gosline S. J. C., KEDAIGLE A., Soltis A. R., GITTER A., FRAENKEL E.
PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY
, cilt.12, sa.4, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2015
201525. Reconstruction of the temporal signaling network in Salmonella-infected human cells
Budak G., Ozsoy O. E., Son Y., Can T., Tunçbağ N.
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY
, cilt.6, 2015 (SCI-Expanded, Scopus)
2015
201526. The PI3K/AKT/mTOR interactive pathway
ERŞAHIN T., TUNÇBAĞ N., Cetin-Atalay R.
MOLECULAR BIOSYSTEMS
, cilt.11, sa.7, ss.1946-1954, 2015 (SCI-Expanded, Scopus)
2013
201327. Simultaneous Reconstruction of Multiple Signaling Pathways via the Prize-Collecting Steiner Forest Problem
Tuncbag N., BRAUNSTEIN A., PAGNANI A., Huang S. C., CHAYES J., BORGS C., et al.
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY
, cilt.20, sa.2, ss.124-136, 2013 (SCI-Expanded, Scopus)
2012
201228. SteinerNet: a web server for integrating 'omic' data to discover hidden components of response pathways
Tuncbag N., MCCALLUM S., Huang S. C., FRAENKEL E.
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
, cilt.40, 2012 (SCI-Expanded, Scopus)
2012
201229. Fast and accurate modeling of protein-protein interactions by combining template-interface-based docking with flexible refinement
Tuncbag N., Keskin O., NUSSINOV R., Gursoy A.
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS
, cilt.80, sa.4, ss.1239-1249, 2012 (SCI-Expanded, Scopus)
2011
201130. Predicting protein-protein interactions on a proteome scale by matching evolutionary and structural similarities at interfaces using PRISM
Tuncbag N., Gursoy A., NUSSINOV R., Keskin O.
NATURE PROTOCOLS
, cilt.6, sa.9, ss.1341-1354, 2011 (SCI-Expanded, Scopus)
2011
201131. Prediction of protein-protein interactions: unifying evolution and structure at protein interfaces.
Tuncbag N., GURSOY A., KESKIN O.
Physical biology
, cilt.8, ss.35006, 2011 (SCI-Expanded, Scopus)
2010
201032. Analysis and network representation of hotspots in protein interfaces using minimum cut trees
Tuncbag N., Salman F. S., Keskin O., GÜRSOY A.
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS
, cilt.78, sa.10, ss.2283-2294, 2010 (SCI-Expanded, Scopus)
2010
201033. HotPoint: hot spot prediction server for protein interfaces
Tuncbag N., Keskin O., GÜRSOY A.
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
, cilt.38, 2010 (SCI-Expanded, Scopus)
2009
200934. Identification of computational hot spots in protein interfaces: combining solvent accessibility and inter-residue potentials improves the accuracy
Tuncbag N., Gursoy A., Keskin O.
BIOINFORMATICS
, cilt.25, sa.12, ss.1513-1520, 2009 (SCI-Expanded, Scopus)
2009
200935. A survey of available tools and web servers for analysis of protein-protein interactions and interfaces
Tuncbag N., Kar G., Keskin O., Gursoy A., NUSSINOV R.
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
, cilt.10, sa.3, ss.217-232, 2009 (SCI-Expanded, Scopus)
2009
200936. Towards inferring time dimensionality in protein-protein interaction networks by integrating structures: the p53 example
Tuncbag N., Kar G., Gursoy A., Keskin O., Nussinov R.
MOLECULAR BIOSYSTEMS
, cilt.5, sa.12, ss.1770-1778, 2009 (SCI-Expanded, Scopus)
2008
200837. Architectures and functional coverage of protein-protein interfaces
Tuncbag N., Gursoy A., Guney E., NUSSINOV R., Keskin O.
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY
, cilt.381, sa.3, ss.785-802, 2008 (SCI-Expanded, Scopus)
2008
200838. Characterization and prediction of protein interfaces to infer protein-protein interaction networks
Keskin O., Tuncbag N., GÜRSOY A.
CURRENT PHARMACEUTICAL BIOTECHNOLOGY
, cilt.9, sa.2, ss.67-76, 2008 (SCI-Expanded, Scopus)
2008
200839. HotSprint: database of computational hot spots in protein interfaces
Guney E., Tuncbag N., Keskin O., Gursoy A.
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
, cilt.36, 2008 (SCI-Expanded, Scopus)
Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler
2019
20191. Biological network modeling based on differentially expressed proteins in a bacilysin-deficient strain of Bacillus subtilis
Özcengiz G., Tunçbağ N.
20th International Conference on Bacilli and Gram-Positive Bacteria, Washington, Amerika Birleşik Devletleri, 23 - 26 Temmuz 2019, ss.11, (Özet Bildiri)
2019
20192. In silico modeling and in vitro validation of undefined off-target of drugs in hepatocellular carcinoma
Sinoplu E., Tuncbag N., Kahraman D. C., Atalay R. C.
Annual Meeting of the American-Association-for-Cancer-Research (AACR), Georgia, Amerika Birleşik Devletleri, 29 Mart - 03 Nisan 2019, cilt.79, (Özet Bildiri)
2015
20153. COMBINATION THERAPY FOR HEPATOCELLULAR CARCINOMA: A SYSTEMS BIOLOGY PERSPECTIVE ON THE SYNERGISTIC ANTITUMOR ACTIVITY OF SORAFENIB WITH PI3K/AKT PATHWAY INHIBITORS
Erşahin T., Tunçbağ N., Acar A. C., Atalay R.
50th International Liver Congress of the European-Association-for-the-Study-of-the-Liver, Vienna, Avusturya, 22 - 26 Nisan 2015, cilt.62, ss.464, (Özet Bildiri)
2018
20184. Modeling the tumor specific structural networks by integrating alternative splicing events
DEMİREL H. C., TUNÇBAĞ N.
European Conference on Computational Biology, 8 - 12 Eylül 2018, (Özet Bildiri)
2017
20175. Identification of the Ischemic Pathway Level Changes by Integrating Temporal Phosphoproteome in Ovarian Cancer
BUDAK G., FRAENKEL E., TUNÇBAĞ N.
5th International Congress ofthe Molecular Biology Association of Turkey, 8 - 10 Eylül 2017, (Özet Bildiri)
2017
20176. The Effect of Alternative Splicing on Tumor Specific Protein Networks
DEMİREL H. C., TUNÇBAĞ N.
HIBIT 2017, 28 - 30 Haziran 2017, (Özet Bildiri)
2017
20177. Network Modeling of the Dasatinib Treatment in Glioblastoma Stem Cells by Data Integration
SENGER G., TUNÇBAĞ N.
HIBIT 2017, 28 - 30 Haziran 2017, (Özet Bildiri)
2017
20178. Structural Modeling of the Patient-Specific Signaling Networks in Glioblastoma
DINCER C., TUNÇBAĞ N.
HIBIT 2017, 28 - 30 Haziran 2017, (Özet Bildiri)
2017
20179. Network-Based Discovery of Drug Treatments in Hepatocellular Carcinoma
FAYETORBAY R., ATALAY R., TUNÇBAĞ N.
HIBIT 2017, 28 - 30 Haziran 2017, (Özet Bildiri)
2017
201710. Towards proteomic analysis of YPEL2 interacting partners identified with proximity dependent biotinylation
OLGUN Ç. E., TUNÇBAĞ N., MUYAN M.
HIBIT2017, 28 - 30 Haziran 2017, (Özet Bildiri)
2017
201711. Integrative Modeling of the Tumor Specific Structural Networks in Human Cancers
TUNÇBAĞ N.
GLBIO 2017, 15 - 17 Mayıs 2017, (Özet Bildiri)
2012
201212. Simultaneous reconstruction of multiple signaling pathways via the prize collecting Steiner forest problem
TUNÇBAĞ N., BRAUNSTEIN A., PAGNANI A., HUANG S. S. C., CHAYES J., BORGS C., et al.
16th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, 21 - 24 Nisan 2012, (Tam Metin Bildiri)
2011
201113. Structural proteome scale prediction of protein protein interactions using interfaces
TUNÇBAĞ N., GÜRSOY A., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö., NUSSINOV R.
3dSig Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 15 - 16 Temmuz 2011
2011
201114. Prediction of Protein Protein Interactions at Genome Scale
TUNÇBAĞ N., GÜRSOY A., NUSSINOV R., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö.
55th Annual Meeting of the Biophysical-Society, 5 - 09 Mart 2011, (Özet Bildiri)
2010
201015. HotPOINT Hot Spot Prediction Server for Protein Interfaces
TUNÇBAĞ N., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö., GÜRSOY A.
RESEARCH IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY (RECOMB), LIZBON, Portekiz, 12 - 15 Ağustos 2010
2010
201016. Large scale construction of three dimensional protein protein complex structures
TUNÇBAĞ N., GÜRSOY A., NUSSINOV R., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö.
RESEARCH IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY (RECOMB), LIZBON, Portekiz, 12 - 15 Ağustos 2010
2010
201017. Large scale combinatorial docking of the proteome for functional predictions
TUNÇBAĞ N., GÜRSOY A., NUSSINOV R., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö.
Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), BOSTON, Amerika Birleşik Devletleri, 11 - 13 Temmuz 2010
2010
201018. HotPoint A web server for prediction of hot spots in protein interfaces
TUNÇBAĞ N., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö., GÜRSOY A.
5th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, Antalya, Türkiye, 20 - 22 Nisan 2010
2009
200919. Architectures and Functional Coverage of Protein Protein Interface
TUNÇBAĞ N., GÜRSOY A., NUSSINOV R., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö.
ISMB/ECCB 3dSig, Stockholm, İsveç, 20 Haziran - 02 Temmuz 2009
2009
200920. Identification of Computational Hot Spots in Protein Interfaces Using Solvent Accessibility and Inter Residue Potentials Poster Presentation
TUNÇBAĞ N., GÜRSOY A., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö.
Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)& European Conference on Computational Biology (ECCB), Stockholm, İsveç, 27 Haziran - 02 Temmuz 2009
2009
200921. Large Scale Prediction of Computational Hot Spots in Protein Interfaces
TUNÇBAĞ N., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö., NUSSINOV R., GÜRSOY A.
53rd Annual Meeting of the Biophysical-Society, 28 Şubat - 04 Mart 2009, cilt.96, ss.650-651, (Özet Bildiri)
2008
200822. Large Scale Prediction of Hot Spots at Protein Interfaces
GÜNEY E., TUNÇBAĞ N., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö., GÜRSOY A.
European Conferance on Computational Biology, SARDINIA, 22 - 26 Eylül 2008
2008
200823. Large Scale Identification of Spatial Motifs on the Protein Protein Interfaces
GÜNEY E., TUNÇBAĞ N., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö., GÜRSOY A.
International Symposium on HealthInformatics and Bioinformatics, İstanbul, Türkiye, 18 - 20 Mayıs 2008, (Tam Metin Bildiri)
2007
200724. HotSprint Database of Computational Hot Spots at Protein Interfaces
GÜNEY E., TUNÇBAĞ N., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö., GÜRSOY A.
15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)& 6th European Conference on Computational Biology (ECCB), VIYANA, Avusturya, 21 - 25 Temmuz 2007
2007
200725. PRISM A Web Server for Prediction and Visualization of Protein Protein Interactions
TUNÇBAĞ N., GÜNEY E., ULUBAŞ M. C., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö., GÜRSOY A.
15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)& 6th European Conference on Computational Biology (ECCB), VIYANA, Avusturya, 21 - 25 Temmuz 2007
2007
200726. A new dataset of protein protein interfaces
TUNÇBAĞ N., GÜRSOY A., GUNEY E., NUSSINOV R., TSAI C. J., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö.
51st Annual Meeting of the Biophysical-Society, 3 - 07 Mart 2007, (Özet Bildiri)
2006
200627. Observation of the Correlations between Pair Wise Interaction and Functional Organization of the Proteins in the Protein Interaction Network of Saccharomyces Cerevisiae
TUNÇBAĞ N., HALİLOĞLU T., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö.
Conference of the World-Academy-of-Science-Engineering-and-Technology, 25 - 27 Ağustos 2006, (Tam Metin Bildiri)
Kitaplar
2018
20181. Phylogenetic and Other Conservation-Based Approaches to Predict Protein Functional Sites
Tunçbağ N., Ataş H., Doğan T.
Computational Drug Discovery and Design, Gore M.,Jagtap U., Editör, Springer, London/Berlin , New-York, ss.51-69, 2018
2017
20172. Prediction of Protein Interactions by Structural Matching: Prediction of PPI Networks and the Effects of Mutations on PPIs that Combines Sequence and Structural Information.
TUNÇBAĞ N., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö., NUSSINOV R., GÜRSOY A.
Protein Bioinformatics, , Editör, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2017
Desteklenen Projeler
2019 - 2022
2019 - 2022Serebral Kortikal Bozuklukların Çoklu-Omiks Ile Araştırılması
TÜBİTAK Uluslararası Çoklu İşbirliği Projesi , ERA.NET Projesi
Tunçbağ N., Özlü N.(Yürütücü)
2017 - 2021
2017 - 2021Glioblastoma'da Hastaya Özgü Sinyal Ağlarının Hedef Molekül Belirlenmesine Yönelik Yapısal Modellenmesi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Diğer
TUNÇBAĞ N. (Yürütücü)
2018 - 2019
2018 - 2019Östrojen sinyali tarafından tetiklenen epigenetik değişikliklerde rol oynayan protein ağlarının belirlenmesi ve modellenmesi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi
MUYAN M. (Yürütücü), RAZIZADEH N., TUNÇBAĞ N.
2014 - 2016
2014 - 2016
Multi dimensional modelling of the disease networks in atomic detail by data integration across several cancer types
TÜBİTAK Projesi
TUNÇBAĞ N. (Yürütücü)
Bilimsel Kuruluşlardaki Üyelikler / Görevler
2017 - Devam Ediyor
2017 - Devam EdiyorTürkiye Proteomik Derneği
Yürütme Kurulu Üyesi
2007 - Devam Ediyor
2007 - Devam EdiyorInternational Society for Computational Biology
Üye
Bilimsel Yayınlarda Hakemlikler
Kasım 2019
Kasım 2019BMC BIOINFORMATICS
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Ekim 2019
Ekim 2019PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Ekim 2019
Ekim 2019BIOINFORMATICS
SCI Kapsamındaki Dergi
Etkinlik Organizasyonlarındaki Görevler
Şubat 2020
Şubat 20203. Ulusal Proteomik Kongresi
Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu
Tunçbağ N., Özlü N.
İstanbul, Türkiye
Ekim 2018
Ekim 2018The International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, (HIBIT)
Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu
Tunçbağ N.
Antalya, Türkiye
Haziran 2017
Haziran 2017The International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, (HIBIT)
Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu
Tunçbağ N.
Güzelyurt, Kıbrıs (Kktc)
Ekim 2016
Ekim 2016ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Health Informatics
Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu
Tunçbağ N.
Washington, Amerika Birleşik Devletleri
Eylül 2015
Eylül 2015ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Health Informatics
Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu
Tunçbağ N.
Georgia, Amerika Birleşik Devletleri
Eylül 2014
Eylül 2014ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Health Informatics
Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu
Tunçbağ N.
California, Amerika Birleşik Devletleri
Ödüller
Kongre ve Sempozyum Katılımı Faaliyetleri
17 Ekim 2019 - 19 Ekim 2019
17 Ekim 2019 - 19 Ekim 2019HIBIT 2019
Davetli Konuşmacı
İzmir-Türkiye
22 Haziran 2016 - 26 Haziran 2016
22 Haziran 2016 - 26 Haziran 2016X Annual Congress of the European Proteomics Association
Davetli Konuşmacı
İstanbul-Türkiye
Davetli Konuşmalar
Ağustos 2019
Ağustos 2019Personalized Medicine Guided by Integrative Network Modeling
Seminer
National Institutes of Health-Amerika Birleşik Devletleri
Ağustos 2019
Ağustos 2019Kişiye Özgü Tıpta Ağ Modelleme Yaklaşımları
Seminer
Ulusal Kanser Enstitüsü-Amerika Birleşik Devletleri
Ekim 2015
Ekim 2015