Doç.Dr.

NURCAN TUNÇBAĞ


Enformatik Enstitüsü

Sağlık Bilişimi Anabilim Dalı

Eğitim Bilgileri

2007 - 2010

2007 - 2010

Doktora

Koç Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Hesaplamalı Bilimler Ve Mühendislik (Dr), Türkiye

2005 - 2007

2005 - 2007

Yüksek Lisans

Koç Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Hesaplamalı Bilimler Ve Mühendislik (Yl) (Tezli), Türkiye

2000 - 2005

2000 - 2005

Lisans

İstanbul Teknik Üniversitesi, Kimya-Metalurji Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, Türkiye

Yaptığı Tezler

2010

2010

Doktora

Multi-scale analysis and prediction of protein-protein interactions

Koç Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Hesaplamalı Bilimler Ve Mühendislik (Dr)

2007

2007

Yüksek Lisans

Characterization and analysis of protein-protein interfaces

Koç Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Hesaplamalı Bilimler Ve Mühendislik (Yl) (Tezli)

Araştırma Alanları

Bilgisayar Bilimleri, Biyoenformatik, Biyohesaplama , Yaşam Bilimleri, Biyoinformatik, Biyoenformasyon, Temel Bilimler, Mühendislik ve Teknoloji

Akademik Unvanlar / Görevler

2019 - Devam Ediyor

2019 - Devam Ediyor

Doç.Dr.

Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü

2016 - 2019

2016 - 2019

Dr.Öğr.Üyesi

Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü, Sağlık Bilişimi Anabilim Dalı

2014 - 2016

2014 - 2016

Öğretim Görevlisi Dr.

Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü

2010 - 2014

2010 - 2014

Araştırma Görevlisi

Massachusetts Institute Of Technology, School Of Engıneerıng, Bıologıcal Engıneerıng

2005 - 2010

2005 - 2010

Araştırma Görevlisi

Koç Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Hesaplamalı Bilimler Ve Mühendislik (Dr)

Verdiği Dersler

Yüksek Lisans

Yüksek Lisans

Programming for Informatics

Yüksek Lisans

Yüksek Lisans

Biological Databases and Data Analysis Tools

Yüksek Lisans

Yüksek Lisans

Structural Bioinformatics

Tasarladığı Dersler

Yüksek Lisans

Yüksek Lisans

Structural Bioinformatics

Tunçbağ N.

Yüksek Lisans

Yüksek Lisans

Programming for Informatics

Tunçbağ N.

SCI, SSCI ve AHCI İndekslerine Giren Dergilerde Yayınlanan Makaleler

2018

2018

A Structural Perspective on the Modulation of Protein-Protein Interactions with Small Molecules.

Demirel H. C. , Dogan T. , Tuncbag N.

Current topics in medicinal chemistry, cilt.18, ss.700-713, 2018 (SCI Expanded İndekslerine Giren Dergi) identifier identifier identifier

2016

2016

Network Modeling Identifies Patient-specific Pathways in Glioblastoma.

Tuncbag N. , MILANI P., POKORNY J., JOHNSON H., SIO T., DALIN S., et al.

Scientific reports, cilt.6, ss.28668, 2016 (SCI Expanded İndekslerine Giren Dergi) identifier identifier identifier

2016

2016

Predicting Protein-Protein Interactions from the Molecular to the Proteome Level

Keskin O., Tunçbağ N. , Gursoy A.

CHEMICAL REVIEWS, cilt.116, ss.4884-4909, 2016 (SCI İndekslerine Giren Dergi) identifier identifier identifier

2015

2015

The PI3K/AKT/mTOR interactive pathway

ERŞAHIN T., TUNÇBAĞ N. , Cetin-Atalay R.

MOLECULAR BIOSYSTEMS, cilt.11, ss.1946-1954, 2015 (SCI İndekslerine Giren Dergi) identifier identifier identifier

2012

2012

Fast and accurate modeling of protein-protein interactions by combining template-interface-based docking with flexible refinement

Tuncbag N. , Keskin O., NUSSINOV R., Gursoy A.

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, cilt.80, ss.1239-1249, 2012 (SCI İndekslerine Giren Dergi) identifier identifier identifier

2011

2011

Prediction of protein-protein interactions: unifying evolution and structure at protein interfaces.

Tuncbag N. , GURSOY A., KESKIN O.

Physical biology, cilt.8, ss.35006, 2011 (SCI Expanded İndekslerine Giren Dergi) Creative Commons License identifier identifier identifier

2010

2010

Analysis and network representation of hotspots in protein interfaces using minimum cut trees

Tuncbag N. , Salman F. S. , Keskin O., GÜRSOY A.

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, cilt.78, ss.2283-2294, 2010 (SCI İndekslerine Giren Dergi) identifier identifier identifier

2010

2010

HotPoint: hot spot prediction server for protein interfaces

Tuncbag N. , Keskin O., GÜRSOY A.

NUCLEIC ACIDS RESEARCH, cilt.38, 2010 (SCI İndekslerine Giren Dergi) Creative Commons License identifier identifier identifier

2008

2008

Architectures and functional coverage of protein-protein interfaces

Tuncbag N. , Gursoy A., Guney E., NUSSINOV R., Keskin O.

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, cilt.381, ss.785-802, 2008 (SCI İndekslerine Giren Dergi) Creative Commons License identifier identifier identifier

2008

2008

Characterization and prediction of protein interfaces to infer protein-protein interaction networks

Keskin O., Tuncbag N. , GÜRSOY A.

CURRENT PHARMACEUTICAL BIOTECHNOLOGY, cilt.9, ss.67-76, 2008 (SCI İndekslerine Giren Dergi) Creative Commons License identifier identifier

2008

2008

HotSprint: database of computational hot spots in protein interfaces

Guney E., Tuncbag N. , Keskin O., Gursoy A.

NUCLEIC ACIDS RESEARCH, cilt.36, 2008 (SCI İndekslerine Giren Dergi) identifier identifier identifier

Diğer Dergilerde Yayınlanan Makaleler

2018

2018

Phylogenetic and Other Conservation-Based Approaches to Predict Protein Functional Sites.

ATAS H., Tuncbag N. , Doğan T.

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), cilt.1762, ss.51-69, 2018 (Diğer Kurumların Hakemli Dergileri) identifier

Hakemli Kongre / Sempozyum Bildiri Kitaplarında Yer Alan Yayınlar

2019

2019

Biological network modeling based on differentially expressed proteins in a bacilysin-deficient strain of Bacillus subtilis

Özcengiz G. , Tunçbağ N.

20th International Conference on Bacilli and Gram-Positive Bacteria, Washington, Amerika Birleşik Devletleri, 23 - 26 Temmuz 2019, ss.11

2019

2019

In silico modeling and in vitro validation of undefined off-target of drugs in hepatocellular carcinoma

Sinoplu E., Tuncbag N. , Kahraman D. C. , Atalay R. C.

Annual Meeting of the American-Association-for-Cancer-Research (AACR), Georgia, Amerika Birleşik Devletleri, 29 Mart - 03 Nisan 2019, cilt.79 identifier

2015

2015

COMBINATION THERAPY FOR HEPATOCELLULAR CARCINOMA: A SYSTEMS BIOLOGY PERSPECTIVE ON THE SYNERGISTIC ANTITUMOR ACTIVITY OF SORAFENIB WITH PI3K/AKT PATHWAY INHIBITORS

Erşahin T., Tunçbağ N. , Acar A. C. , Atalay R.

50th International Liver Congress of the European-Association-for-the-Study-of-the-Liver, Vienna, Avusturya, 22 - 26 Nisan 2015, cilt.62, ss.464

2017

2017

Identification of the Ischemic Pathway Level Changes by Integrating Temporal Phosphoproteome in Ovarian Cancer

BUDAK G., FRAENKEL E., TUNÇBAĞ N.

5th International Congress ofthe Molecular Biology Association of Turkey, 8 - 10 Eylül 2017

2012

2012

Simultaneous reconstruction of multiple signaling pathways via the prize collecting Steiner forest problem

TUNÇBAĞ N. , BRAUNSTEIN A., PAGNANI A., HUANG S. S. C. , CHAYES J., BORGS C., et al.

16th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, 21 - 24 Nisan 2012 Creative Commons License identifier

2011

2011

Structural proteome scale prediction of protein protein interactions using interfaces

TUNÇBAĞ N. , GÜRSOY A., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö. , NUSSINOV R.

3dSig Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 15 - 16 Temmuz 2011

2008

2008

Large Scale Identification of Spatial Motifs on the Protein Protein Interfaces

GÜNEY E., TUNÇBAĞ N. , KESKİN ÖZKAYA Z. Ö. , GÜRSOY A.

International Symposium on HealthInformatics and Bioinformatics, İstanbul, Türkiye, 18 - 20 Mayıs 2008

2007

2007

PRISM A Web Server for Prediction and Visualization of Protein Protein Interactions

TUNÇBAĞ N. , GÜNEY E., ULUBAŞ M. C. , KESKİN ÖZKAYA Z. Ö. , GÜRSOY A.

15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)& 6th European Conference on Computational Biology (ECCB), VIYANA, Avusturya, 21 - 25 Temmuz 2007

2007

2007

A new dataset of protein protein interfaces

TUNÇBAĞ N. , GÜRSOY A., GUNEY E., NUSSINOV R., TSAI C. J. , KESKİN ÖZKAYA Z. Ö.

51st Annual Meeting of the Biophysical-Society, 3 - 07 Mart 2007

Kitap & Kitap Bölümleri

Bilimsel Kuruluşlardaki Üyelikler / Görevler

2017 - Devam Ediyor

2017 - Devam Ediyor

Türkiye Proteomik Derneği

Yürütme Kurulu Üyesi

2007 - Devam Ediyor

2007 - Devam Ediyor

International Society for Computational Biology

Üye

Bilimsel Hakemlikler

Kasım 2019

Kasım 2019

BMC BIOINFORMATICS

SCI-E Kapsamındaki Dergi

Ekim 2019

Ekim 2019

PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY

SCI-E Kapsamındaki Dergi

Ekim 2019

Ekim 2019

BIOINFORMATICS

SCI Kapsamındaki Dergi

Etkinlik Organizasyonlarındaki Görevler

Şubat 2020

Şubat 2020

3. Ulusal Proteomik Kongresi

Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu

Tunçbağ N. , Özlü N.
İstanbul, Türkiye

Ekim 2018

Ekim 2018

The International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, (HIBIT)

Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu

Tunçbağ N.
Antalya, Türkiye

Haziran 2017

Haziran 2017

The International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, (HIBIT)

Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu

Tunçbağ N.
Güzelyurt, Kıbrıs (Kktc)

Ekim 2016

Ekim 2016

ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Health Informatics

Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu

Tunçbağ N.
Washington, Amerika Birleşik Devletleri

Eylül 2015

Eylül 2015

ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Health Informatics

Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu

Tunçbağ N.
Georgia, Amerika Birleşik Devletleri

Eylül 2014

Eylül 2014

ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Health Informatics

Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu

Tunçbağ N.
California, Amerika Birleşik Devletleri

Ödüller

Ekim 2019

Ekim 2019

TÜSEB Teşvik Ödülü

Tüseb

Mart 2019

Mart 2019

Uluslararası Yükselen Yetenek Ödülü

Unesco-L'oreal Foundation

Aralık 2018

Aralık 2018

GEBİP

Türkiye Bilimler Akademisi

Mayıs 2018

Mayıs 2018

UNESCO-L’Oréal Ulusal Genç Bilim Kadınlarına Destek Ödülü

Unesco-L’Oréal

Aralık 2017

Aralık 2017

Parlar Vakfı Genç Araştırmacı Ödülü

Parlar Vakfı

Mayıs 2015

Mayıs 2015

BAGEP Ödülü

Bilim Akademisi



Davetli Kongre ve Sempozyum Faaliyetleri

2019

2019

HIBIT 2019

Davetli Konuşmacı

İzmir-Türkiye

2016

2016

X Annual Congress of the European Proteomics Association

Davetli Konuşmacı

İstanbul-Türkiye

Davetli Konuşmalar

Ağustos 2019

Ağustos 2019

Personalized Medicine Guided by Integrative Network Modeling

Seminer

National Institutes of Health-Amerika Birleşik Devletleri

Ağustos 2019

Ağustos 2019

Kişiye Özgü Tıpta Ağ Modelleme Yaklaşımları

Seminer

Ulusal Kanser Enstitüsü-Amerika Birleşik Devletleri

Ekim 2015

Ekim 2015

From proteins/genes to functional networks and beyond

Seminer

Universitaet Zürich (University of Zürich)-İsviçre

Atıflar

Toplam Atıf Sayısı (WOS): 1383

h-indeksi (WOS): 18