Dr. Öğr. Üyesi AYBAR CAN ACAR

Metrikler

Yayın

Yayın (WoS)

Yayın (Scopus)

Atıf (WoS)

233

H-İndeks (WoS)

Atıf (Scopus)

302

H-İndeks (Scopus)

Atıf (Scholar)

538

H-İndeks (Scholar)

Atıf (TrDizin)

H-İndeks (TrDizin)

Atıf (Sobiad)

H-İndeks (Sobiad)

Atıf (Diğer Toplam)

Proje

Fikri Mülkiyet

Tez Danışmanlığı

Açık Erişim

BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

Eğitim Bilgileri

2002 - 2008

Doktora

George Mason University, Bilgisayar Bilimi (Computer Science), Amerika Birleşik Devletleri

1999 - 2001

Yüksek Lisans

Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Kimya Mühendisliği (Yl) (Tezli), Türkiye

1995 - 1999

Lisans

Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, Türkiye

Yaptığı Tezler

2008

Doktora

Query consolidation: Interpreting queries sent to independent heterogenous databases

George Mason University, Bilgisayar Bilimi (Computer Science)

2001

Yüksek Lisans

Synthesis, modification and characterization of sodalites

Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Kimya Mühendisliği (Yl) (Tezli)

Araştırma Alanları

Biyoenformatik

Veritabanı Sistemleri

Yapay Zeka, Bilgisayarda Öğrenme ve Örüntü Tanıma

Belirsizlik Yönetimi

Bilgisayar Öğrenimi

Biyoinformatik

Biyolojik Modelleme

Biyolojik Veritabanları

Akademik Ünvanlar / Görevler

2018 - Devam Ediyor

Dr. Öğr. Üyesi

Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü, Sağlık Bilişimi Anabilim Dalı

2012 - 2018

Yrd. Doç. Dr.

Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü, Sağlık Bilişimi Anabilim Dalı

2009 - 2012

Öğretim Görevlisi

İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü

2002 - 2008

Araştırma Görevlisi

George Mason University

2001 - 2002

Araştırma Görevlisi

Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü

1999 - 2001

Araştırma Görevlisi

Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü

Yönetimsel Görevler

2016 - 2018

Anabilim/Bilim Dalı Başkanı

Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü, Siber Güvenlik Anabilim Dalı

2012 - 2016

Program Koordinatörü

Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü, Sağlık Bilişimi Anabilim Dalı

Araştırma Altyapısı Bilgileri

Aralık 2016

Kanser Sistem Biyolojisi Laboratuvarı

Tematik Araştırma Laboratuvarı - Koordinatörlük

Acar A. C., Atalay R.

Makaleler

2024

1. An integrative framework for clinical diagnosis and knowledge discovery from exome sequencing data

Shojaei M., Mohammadvand N., DOĞAN T., Alkan C., Çetin Atalay R., ACAR A. C.

Computers in Biology and Medicine , cilt.169, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)

2023

2. Transfer learning for drug-target interaction prediction

Dalkıran A., Atakan A., Rifaioğlu A. S., Martin M. J., Çetin Atalay R., Acar A. C., et al.

BIOINFORMATICS , cilt.39, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)

2023

3. ProFAB-open protein functional annotation benchmark

Ozdilek A. S., Atakan A., Özsarı G., Acar A. C., Atalay M. V., Doğan T., et al.

BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS , cilt.24, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)

2022

4. Loss of the Nuclear Envelope Protein LAP1B Disrupts the Myogenic Differentiation of Patient-Derived Fibroblasts

Kayman Kürekçi G., Acar A. C., Dinçer P. R.

INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , cilt.23, sa.21, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)

2022

5. Principal microbial groups: compositional alternative to phylogenetic grouping of microbiome data

Boyraz A., Pawlowsky-Glahn V., Jose Egozcue J., ACAR A. C.

BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS , cilt.23, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)

2022

6. Learning functional properties of proteins with language models

Unsal S., Atas H., ALBAYRAK M., TURHAN K., Acar A. C., DOĞAN T.

NATURE MACHINE INTELLIGENCE , cilt.4, sa.3, ss.227-245, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)

2021

7. Data Centric Molecular Analysis and Evaluation of Hepatocellular Carcinoma Therapeutics Using Machine Intelligence-Based Tools

Cetin-Atalay R., Kahraman D. C., Nalbat E., Rifaioğlu A. S., Atakan A., Dönmez A., et al.

JOURNAL OF GASTROINTESTINAL CANCER , cilt.52, sa.4, ss.1266-1276, 2021 (ESCI, Scopus)

2021

8. Defining a master curve of abdominal aortic aneurysm growth and its potential utility of clinical management

Akkoyun E., Gharahi H., Kwon S. T., Zambrano B. A., Rao A., ACAR A. C., et al.

Computer Methods and Programs in Biomedicine , cilt.208, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)

2021

9. Projecting the course of COVID-19 in Turkey: A probabilistic modeling approach

Acar A. C., Er A. G., Burduroğlu H. C., Sülkü S. N., Aydin Son Y., Akin L., et al.

TURKISH JOURNAL OF MEDICAL SCIENCES , cilt.51, sa.1, ss.16-27, 2021 (SCI-Expanded, Scopus, TRDizin)

2020

10. The Use of Informed Priors in Biclustering of Gene Expression with the Hierarchical Dirichlet Process

Tercan B., Acar A. C.

IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS , cilt.17, sa.5, ss.1810-1821, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)

2020

11. iBioProVis: interactive visualization and analysis of compound bioactivity space

Dönmez A., Rifaioğlu A. S., Acar A. C., Doğan T., Cetin-Atalay R., Atalay V.

BIOINFORMATICS , cilt.36, sa.14, ss.4227-4230, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)

2020

12. Real-time Malaria Parasite Screening in Thick Blood Smears for Low-Resource Setting

Chibuta S., Acar A. C.

JOURNAL OF DIGITAL IMAGING , cilt.33, sa.3, ss.763-775, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)

2020

13. Predicting abdominal aortic aneurysm growth using patient-oriented growth models with two-step Bayesian inference

Akkoyun E., Kwon S. T., Acar A. C., Lee W., Baek S.

COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE , cilt.117, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)

2020

14. Personalized Tumor Growth Prediction Using Multiscale Modeling

ÜNSAL S., Acar A. C., Itik M., KABATAŞ A., GEDİKLİ Ö., ÖZDEMİR F., et al.

JOURNAL OF BASIC AND CLINICAL HEALTH SCIENCES , cilt.4, sa.3, ss.347-363, 2020 (ESCI, TRDizin)

2011

15. mESAdb: microRNA Expression and Sequence Analysis Database

Kaya K., Karakülah G., Yakicier C., Acar A. C., Konu O.

NUCLEIC ACIDS RESEARCH , cilt.39, 2011 (SCI-Expanded, Scopus)

2003

16. The synthesis and sodium-silver ion exchange of sodalites

Acar A. C., Yucel H., Culfaz A.

CHEMICAL ENGINEERING COMMUNICATIONS , cilt.190, ss.861-882, 2003 (SCI-Expanded, Scopus)

Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler

2023

1. 3D Simulation and Comparative Analysis of Immune System Cell Micro-Level Responses in Virtual Reality and Mixed Reality Environments

Kaya H. T., SÜRER E., ACAR A. C.

9th EAI International Conference on Smart Objects and Technologies for Social Goods, GOODTECHS 2023, Leiria, Portekiz, 18 - 20 Ekim 2023, cilt.556 LNICST, ss.62-78, (Tam Metin Bildiri)

2019

2. iBioProVis: Interactive Visualization and Analysis of Compound Bioactivity Space

Dönmez A., RİFAİOĞLU A. S., ACAR A. C., DOĞAN T., Martin M. J., ATALAY R., et al.

27th Conference on Intellient Systems for Molecular Biology and 18th European Conference on Computational Biology, Basel, İsviçre, 21 - 25 Temmuz 2019, (Özet Bildiri)

2015

3. COMBINATION THERAPY FOR HEPATOCELLULAR CARCINOMA: A SYSTEMS BIOLOGY PERSPECTIVE ON THE SYNERGISTIC ANTITUMOR ACTIVITY OF SORAFENIB WITH PI3K/AKT PATHWAY INHIBITORS

Erşahin T., Tunçbağ N., Acar A. C., Atalay R.

50th International Liver Congress of the European-Association-for-the-Study-of-the-Liver, Vienna, Avusturya, 22 - 26 Nisan 2015, cilt.62, ss.464, (Özet Bildiri)

2019

4. Cross-Cultural Audiences and Their Perceptions of Music in a Biological Context: Transforming “Music Within” Art Installation into a Cross-Cultural Interface

Bozlak E., ACAR A. C., SÜRER E.

International “Music and Sciences” Symposium, İstanbul, Türkiye, 17 - 19 Nisan 2019, ss.57, (Özet Bildiri)

2018

5. Design and Evaluation of an Interactive Art Installation to Introduce 'de novo' Mutations to Different Audiences: "Music Within" Project

Bozlak E., ACAR A. C., SÜRER E.

4th EAI International Conference on Smart Objects and Technologies for Social Good, Bologna, İtalya, 28 - 30 Kasım 2018, ss.82-87, (Tam Metin Bildiri)

2017

6. Gene mutations involved in drug resistance in liver cancer cells using a new rna-seq data analysis workflow

Guzelcan E. A., Shojaei M., ACAR A. F., ATALAY R.

42nd European-Society-for-Medical-Oncology Congress (ESMO), Madrid, İspanya, 8 - 12 Eylül 2017, cilt.28, (Özet Bildiri)

2017

7. A framework for applying bioinformatics analysis of drug resistance to mathematical tumor models

ÜNSAL S., ACAR A. C., İTİK M., KURT B., ÜNSAL Ü., TURHAN K.

NGS Tech Applications Congress: USA, Amerika Birleşik Devletleri, 25 - 26 Temmuz 2017, (Özet Bildiri)

2017

8. A Method Proposal for Revealing Epigenetic Immune-Escape Mechanisms Using 450k Methylation Array Data

KASAP B., ÜNSAL S., AYDIN KASAP Z., ACAR A. C., TURHAN K.

10. International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT), 28 - 30 Haziran 2017

2017

9. Identification of Gene Mutations Involved in Drug Resistance in Liver Cancer Using Rna-Seq Data Analysis

Shojeai M., Akhan E., ACAR A. C., ATALAY R.

The International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, (HIBIT), 28 - 30 Haziran 2017, (Özet Bildiri)

2017

10. Kişiselleştirilmiş Tıp Uygulamaları ve Bir Örnek

ÜNSAL S., ACAR A. C., İTİK M., KABATAŞ A., GEDİKLİ Ö., TURHAN K.

Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu, Türkiye, 25 Mart 2017, (Özet Bildiri)

2011

11. Segmenting and Labeling Query Sequences in a Multidatabase Environment

Acar A. C., Motro A.

Confederated International Workshops and Posters: EI2N plus NSF ICE, ICSP plus INBAST, ISDE, ORM, OTMA, SWWS plus MONET plus SeDeS, and VADER, Hersonissos, Yunanistan, 17 - 21 Ekim 2011, cilt.7044, ss.367-368, (Tam Metin Bildiri)

2009

12. Efficient discovery of join plans in schemaless data

ACAR A. C., Motro A.

Proceedings of the 2009 International Database Engineering Applications Symposium on - IDEAS ’xx09, Cetraro - Calabria, Italy, 16 - 18 Eylül 2009, (Tam Metin Bildiri)

2008

13. Query Consolidation: Interpreting a Set of Independent Queries Using a Multidatabase Architecture in the Reverse Direction

ACAR A. C., Motro A.

14th International Workshop on New Trends in Information Integration, VLDB-NTII 2008, 24 - 30 Ağustos 2008, (Tam Metin Bildiri)

2004

14. Why is this User Asking so Many Questions Explaining Sequences of Queries

ACAR A. C., AMIHAI M.

18th Annual IFIP TC11/WG 11.3 Conference on Data and Applications Security, Sitges, İspanya, 25 - 28 Temmuz 2004, (Tam Metin Bildiri)

2004

15. Utility Based Resolution of Data Inconsistencies

MOTRO A., ANOKHIN P., ACAR A. C.

Proceedings of the International Workshop on Information Quality in Information Systems, 23th ACM SIGMOD International Conference on Management of Data, 13 - 18 Temmuz 2004, (Tam Metin Bildiri)

Kitaplar

2010

1. Inferring User Goals from Sets of Independent Queries in a Multidatabase Environment

ACAR A. C., MOTRO A.

Advances in Intelligent Information Systems, Zbigniew W Ras, Li-Shiang Tsay, Editör, Springer, Berlin, ss.225-243, 2010

Desteklenen Projeler

2016 - Devam Ediyor

Kanser Sistem Biyolojisi Laboratuvarı KanSiL

CB Strateji ve Bütçe Başkanlığı (Kalkınma Bakanlığı) Projesi

ACAR A. C. (Yürütücü)

2025 - 2028

Luminal A Meme Kanseri: Genç Yaşa Özgü Kötü Prognozun Moleküler Temelleri

TÜBİTAK - AB COST Projesi

Kahraman D. C., Acar A. C., Erson Bensan A. E. (Yürütücü)

2020 - 2022

Identification of deregulated metabolic networks in hepatocellular carcinoma

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi

BANERJEE S. (Yürütücü), ACAR A. C.

2017 - 2020

LAP1B Proteininin Kas Hücrelerinin Transkripsiyonel Regülasyonundaki Rolünün Araştırılması

TÜBİTAK Projesi , 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı

Acar A. C., Dinçer P. R.(Yürütücü)

2013 - 2019

MikroRNA-Transkripsiyon Faktörü Düzenleyici Ağlarının Gen İfade Verisinden Olasılıksal Tema Modelleri Kullanılarak Tanımlanması

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Diğer

ACAR A. C. (Yürütücü)

2015 - 2018

Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanserinde Tedavi Sonrası Tümör Gelişim Sürecinin Modellenmesi ve Simülasyonu

TÜBİTAK Projesi , 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı

Acar A. C., Turhan K.(Yürütücü)

Tasarım

Ocak 2018

Design and Evaluation of an Interactive Art Installation to Introduce ‘de novo’ Mutations to Different Audiences: “Music Within” Project

Grafiksel Tasarım / Kullanıcı Deneyimi Tasarımı

Bozlak E., Acar A. C., Sürer E.

Kontrata Dayalı Araştırmalar

2016 - Devam Ediyor

KANSERLİ DOKULARIN MİKROSKOBİK GÖRÜNTÜLERİNİN HASTAYA ÖZGÜ TEDAVİ VE PROGNOZ BELİRLEME AMAÇLI ANALİZİ VE BU KONUDA YAZILIM GELİŞTİRİLMESİ İÇİN KANSER SİSTEM BİYOLOJİSİ LABORATUVARI

ACAR A. C.

Bilimsel Yayınlarda Hakemlikler

Ekim 2018

IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS

SCI-E Kapsamındaki Dergi

Bilimsel Projelerde Hakemlikler

Temmuz 2020

TÜBİTAK Projesi

1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, TÜBİTAK, Türkiye

Eylül 2019

TÜBİTAK Projesi

1507 - TÜBİTAK KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı, B2METRİK YAZILIM VE BİLİŞİM LİMİTED ŞİRKETİ (İSTANBUL), Türkiye

Etkinlik Organizasyonlarındaki Görevler

Eylül 2013

8th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics

Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu

Acar A. C., Atalay R.

Ankara, Türkiye

Kongre ve Sempozyum Katılımı Faaliyetleri

28 Haziran 2017 - 30 Haziran 2017

10th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics

Davetli Konuşmacı

Güzelyurt-Kıbrıs (Kktc)

27 Kasım 2015 - 29 Kasım 2015

4th International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey

Davetli Konuşmacı

Ankara-Türkiye

Davetli Konuşmalar

Kasım 2020

Probabilistic Programming and Bayesian Inference in Biomedicine

Seminer

Sabancı Üniversitesi-Türkiye

Atıflar

Toplam Atıf Sayısı (WOS): 231

h-indeksi (WOS): 6

Bilimsel Araştırma / Çalışma Grubu Üyelikleri

2016 - Devam Ediyor