Cloning of alpha and beta subunit genes of 20 S proteasome from thermoplasma volcanium
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyolojik Bilimler Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2002
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: GÖNÜL SEYİT
Eş Danışman: SEMRA KOCABIYIK, MAHİNUR AKKAYA
Özet:oz THERMOPLASMA VOLCANIUIW UN 20 S PROTEAZOM a VE p ALTÜNÎTE GENLERİNİN KLONLANMASI Seyit, Gönül Yüksek Lisans, Biyoteknoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Ortak Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Mahinur Akkaya Eylül 2002, 104 Sayfa 20 S proteazom, özel bölmeler halinde organize olmuş bir multi katalitik proteaz kompleksidir. Bu özgün proteazlar ökaryotlar, Aktinomisetler ve Arkealardan izole edilmiştir, ökaryotik proteazomlar 15-20 farklı alt üniteden oluşurken, Arkea proteazomları a ve p olmak üzere, sadece iki farklı alt üniteden oluşmaktadır. 20 S proteazom, termoasidofilik bir Arkea bakteri olan Thermoplasma volcanium'da da tespit edilmiştir. Çeşitli Arkea bakteri türlerinin karakterize edilmiş ve olası 20 S proteazomlarının amino asit dizi eşleştirmeleri sonucunda, yüksek oranda korunmuş bölgeler olduğu görülmüştür. Bu bölgeler dikkate alınarak, 366 bp büyüklüğündeki bir a- altünite gen dizisini çoğaltmak üzere, ileri ve geri PCR primerleri tasarlanmıştır. PCR ile çoğaltılan 366 bp'lik a-altünite gen parçası pUC 18 klonlama vektörü kullanılarak E. coli TG1 suşunda klonlanmıştır. Bu gen fragmentleri Tp. volcanium DNA' sında a-alt ünite geninin spesifik olarak belirlenmesi için prob olarak başarı ile kullanılmıştır.Tp. volcanium' un genom verilerine dayanarak olası 20S proteazom genlerinin nukleik asit dizileri dikkate alınıp tasarlanan primerler, 1043 bp' lik bir proteazom a-altünite ve 892 bp'lik p-altünite genlerinin PCR ile çoğaltılmasında kullanılmıştır. PCR ile çoğaltılan genler, pUC 18 vektörünün Bam HI ve Pst I kesim bölgelerine bağlanarak E. coli ' de klonlanmıştır. Çeşitli Arkea proteazomlarının alt ünitelerinin amino asit dizi eşleştirilmesi, en yüksek homolojinin (a-alt üniteleri için % 94 ve p-alt üniteleri için % 95) Tp. acidophilum ve Tp. volcanium proteazomları arasında olduğunu göstermiştir. Anahtar kelimeler: 20 S proteazom, proteaz, klonlama, Thermoplasma volcanium, Arkea vı