Development of a loop mediated isothermal amplification (LAMP) assay for identification of meat species.
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biotechnology, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: DİLARA ÖZDEN
Danışman: Hüseyin Avni Öktem
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Et türlerinin etiketlenmesi sağlık açısından ve ekonomik, sosyokültürel açılardan oldukça önemlidir. Bu nedenle düşük maliyetli ve doğru bir yöntem geliştirilmesine ihtiyaç vardır. İlmiğe dayalı izotermal çoğaltma (LAMP) çıplak gözle sonuçların değerlendirilmesi için ekonomik ve hassas bir yöntemdir. Bu çalışmada işlenmiş ve işlenmemiş etlerde domuz türünün yüksek hassasiyetle tespit edilebilmesi için LAMP kullanılmıştır. Domuz türüne özgü olan sitokrom b geni hedeflenmiştir ve LAMP yöntemi optimize edilmiştir. Direk LAMP yöntemi kullanılarak toplam test süresi bir saatin altına düşürülmüş ve DNA izolasyonu ihtiyacı ortadan kaldırılmıştır. İkili kolorimetrik tanı hidroksi naftol mavisi ve krezol kırmızısı boyaları kullanarak sağlanmıştır, görsel tanı iyileştirilmiştir. Krezol kırmızısı ile tanıda 1 picogram hassasiyet elde edilirken, ikili kolorimetrik tanı ile 0,1 picogram seviyesine arttırmıştır. Farklı çeşitlerde işlenmiş et örnekleri test edilerek yöntemin işlenmiş etlerde başarıyla domuz eti varlığını tespit edebildiği gösterilmiştir. Farklı oranlarda domuz eti içeren et karışımlarının test hassasiyetinin işlenmiş ve işlenmemiş etlerde %0,1 olduğu bulunmuştur. Geliştirilen yöntemin domuz tür tayinine spesifik olduğu farklı türlere ait olan on farklı et türünün test edilmesiyle belirlenmiştir. Geliştirilen LAMP yönteminin sonuçları gerçek zamanlı PCR (polimeraz zincir reaksiyonu) sonuçlarıyla karşılaştırılmıştır ve geliştirilen yöntemle elde edilen sonuçların doğruluğu ve kıyaslanabilir olduğu gösterilmiştir. Reaksiyon tüplerinin -20°C de, en az 6 aya kadar stabil kalabildiği gösterilmiştir. Tüm sonuçlar ele alındığında, geliştirilen LAMP yöntemi sahada işlenmiş ve işlenmemiş et örneklerinden domuz türünün tayin edilmesi için kullanılabilir.