The effect of SETD3 on beta-catenin and canonical WNT signaling pathway activity in mouse embryonic stem cells
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, MOLEKÜLER BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: CEREN ALGANATAY
Danışman: Nihal Terzi Çizmecioğlu
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Fare embriyonik kök hücreleri (EKH) kendini yenileyebilen ve endoderm, mezoderm ve nöroektoderme farklılaşabilen, pluripotent hücrelerdir. Farklılaşma, pluripotensi faktörlerinin deaktivasyonu ve ilkel tabakaya özgü genlerin aktivasyonu ile gerçekleştirildiğinden epigenetik faktörler bu süreçte önemli bir rol oynar. Daha önce gerçekleştirilen shRNA taraması SET bölgesi içeren bir epigenetik faktör olan SETD3'ün mezendoderm farklılaşmasında önemli bir faktör olduğunu göstermiştir. Ön verilerimize göre fare embriyonik kök hücreler (EKH) mezo/endoderme farklılaştırılmadan önce standart serum içeren EKH besiyerinde büyütüldüğünde normal EKH'ler başarılı bir şekilde farklılaşırken SETD3 geni silinmiş (setd3∆) EKH'ler aynı şekilde farklılaşamamaktadır. Ön verilerimize dayanarak bu projede SETD3'ün EKH'lerdeki β-catenin miktar ve lokalizasyonu ve kanonikal Wnt sinyal yolağı aktivitesi üzerindeki etkisini belirlemeyi amaçladık. Yakınlık ligasyon deneyi sonucunda kanonikal Wnt sinyal yolağının rolünü destekleyecek şekilde, SETD3 ve β-catenin'in EKH'lerde etkileşim içerisinde olduğunu gördük. Aynı besiyerinde büyütülen normal ve setd3∆ EKH'ler kullanılarak gerçekleştirilen immünositokimya deneyinde belirgin bir lokalizasyon farklılığı görülmese de çekirdek fraksiyonları kullanılarak gerçekleştirilen western blot deneyi sonucunda standart serum içeren EKH besiyerinde büyütülen setd3∆ EKH'lerin β-catenin seviyesinin, normal EKH'lere göre daha düşük olduğunu gözlemledik. Ek olarak lusiferaz deneyi sonuçları büyütme ortamından bağımsız olarak setd3∆ EKH'lerin normal EKH'lere kıyasla önemli ölçüde daha düşük β-catenin transkripsiyonel aktivitesi gösterdiğini ortaya çıkarttı. SETD3 yokluğunda gözlemlenen çekirdekteki düşük β-catenin seviyesi ve düşük kanonikal Wnt sinyal yolağı aktivitesi standart serum içeren EKH besiyerinde yetiştirilen setd3∆ hücrelerin mezendoderme farklılaşma kusurunu açıklayabilir.