Investigating the interactions of poly(A)-coralyne in crowded environments and the effect of DNA methylation on DDD-lysine and DDD-arginine interactions

ZEYNEP SUVACI

Investigating the interactions of poly(A)-coralyne in crowded environments and the effect of DNA methylation on DDD-lysine and DDD-arginine interactions

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, KİMYA ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2022

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: ZEYNEP SUVACI

Danışman: ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Poly(A) kuyruğu, mRNA stabilitesi ve olgunlaşmasının temel bir belirleyicisidir ve translasyonun başlatılması için gereklidir. Poly(A) kuyruklarını tanıyan küçük moleküller mRNA içeren süreçlere müdahil olabilirler ve bu nedenle terapötik ajan olarak kullanılma potansiyeline sahiptirler. Poly(A)'ya güçlü bir şekilde bağlanan Coralyne'in seyreltik çözelti koşulları altında kararlı, çift sarmallı bir poly(A) öz yapısının oluşumunu indüklediği gösterilmiştir. Seyreltik çözeltilerdeki çalışmalar oldukça bilgilendirici olsa da in vivo DNA yapısını ve kararlılığını tam olarak açıklayamamaktadır. Bu tezin ilk bölümünde, poly(A)-COR'un hücre içi ortamlardaki davranışına ışık tutmak için moleküler kalabalık koşulları altında poly(A)-COR etkileşimleri araştırılmıştır. Hücresel ortamı taklit etmek için PEG200, sükroz ve gliserol kullanılmıştır. Termal denatürasyon deneylerinin sonuçları özellikle artan PEG derişimi ile poly(A)-COR kararlılığında bir düşüş olduğunu ortaya çıkarmıştır. CD spektroskopi sonuçları poly(A)-COR'un karakteristik spektrumunu korurken, kalabalıklaştırıcı ajanların, özellikle PEG'in varlığında poly(A)-COR yapısının hafif değiştiğini doğrulamıştır. Bu tezin ikinci bölümünde, DNA metilasyonunun Dickerson Dodecamer (DDD) ile histonlarda fazlaca bulunan lizin (Lys) ve arginin (Arg) amino asitlerinin etkileşimleri üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Sitozinlerin 5. pozisyonda metilasyonu (d5mC) en yaygın epigenetik modifikasyonlardan biridir ve gen ekspresyonunu değiştirdiğine inanılmaktadır. CD spektroskopi sonuçları, DNA metilasyonunun, DNA'nın B-form yapısını değiştirmediğini ortaya çıkartmıştır. Amino asit derişimlerinin arttırılmasının ise B-DNA yapısında değişikliklere sebep olduğu ve bu etkinin metillenmemiş DDD'de, 8 adet metillenmiş sitozin bulunduran DDD8'e kıyasla daha belirgin olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca, UV-Vis termal denatürasyon deneyleri ile Arg'nin DNA kararlılığı üzerindeki etkisinin, Lys'ye kıyasla daha fazla olduğu tespit edilmiştir.