Dedection of aminoglycoside 3'-phosphotransferases by using Dna and antibodd probes
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyolojik Bilimler Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 1995
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: ARMAĞAN KOÇER SAĞIROĞLU
Danışman: SEMRA KOCABIYIK
Özet:öz ÂMİNOGLİKOZİT 3'-FOSFOTRANSFERAZLARIN DNA VE ANTİKOR PROPLARI İLE TANISI Sağıroğlu Koçer, Armağan Yüksek Lisans Tezi, Biyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi: Doç.Dr. Semra Kocabıyık Ocak, 1995, 74 sayfa Gram-negatif basillerde 3'-aminoglikozit fosfotransferaz aktivitesini kodlayan genleri teşhis etmek için üç tane DNA probu geliştirildi. Problar, APH(3') II geninin üç farklı restriksiyon fregmentleri olarak hazırlandılar. Bu parçalar, radyoaktif olmayan digoxigenin ile işaretlenmiş 'deoxyuridine-triphosphate'ların bağlanmasıyla işaretlendiler. Problar hedeflenen nükleik asitlerle birleştikten sonra, immunoassay ile, enzim bağlanmış antikorlar kullanılarak tanındılar. Her üç prob da sadece, APH(3') II geni içeren ve genetik olarak tanımlanmış olan kontrol suşların DNAsı ile hibridize olurken, farklı APH(3') geni içeren suşlarla hibridize olmadılar. Hacettepe Üniversitesi hastalarından elde edilen kanamisine dirençli bazı Enterobacteriaceae ve Pseudomonas suşlan bu proplar kullanılarak Southern Blot tekniği, ile incelendiler ve bunlardan birisinin APH(3') II geni içerdiği gösterildi. Kullanılan her probun APH(3') II genine oldukça spesifik olduğu ve, kompleks aminoglikozit dirençlilik profiline sahip olan klinik VIsuşlarda APH(3') II enziminin teşhisinde, enzimatik testlerden daha duyarlı oldukları ispatlandı. Öte yandan, kontrol ve klinik suşlardan elde edilen hücre lizatları, Western Blot tekniği ile incelendiler. Bu deneylerde, Fc- biotinlenmiş tavşan poliklonal anti-APH(3') n antikoru kullanıldı. Fakat DNA probu ile kıyaslandığında antikor probunun daha az spesifik olduğu gürüldü, çünkü farklı APH(3') aktivitesi gösteren kontrol suşları aynı immunoblot sinyalleri verdiler. Ayrıca APH(3') II proteinine karşılık gelen bu sinyallere, APH(3') II DNA probuyla teşhis edilemeyen klinik suşlarda da rastlandı. Sonuç olarak, bu çalışmada geliştirilen APH(3') II genine özel DNA problarının, genetik ve enzimatik metodlarla tanımlanmış olan bakteri suşlarının son derece duyarlı, spesifik, ve doğru olarak teşhis ettikleri gösterildi. Antikor prob (daha az spesifik olmasına rağmen) ile birlikte DNA prob, APH(3') dirençlilik determinantı içerdiği düşünülen klinik suşlarm teşhisinde, enzimatik metodlara alternatif oluşturmaktadırlar. Anahtar Kelimeler: DNA probu, antikor probu, Aminoglikozit 3'- fosfotransferaz, Aminoglikozit dirençliliği, Southern Blot, Western Blot. Bilim Dalı Sayısal Kodu: 401.02.02. vu