Comparative transcriptomics of Bacillus subtilis bacilysin-negative genotype with particular reference to bacilysin formation

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2021

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: NAZ KOCABAY

Danışman: GÜLAY ÖZCENGİZ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Gram pozitif bakteriler için model organizma olan Bacillus subtilis, farmakolojik ve antimikrobiyal aktiviteye sahip çok çeşitli ikincil metabolitler üreten ve patojenik olmayan bir organizmadır. Bilinen en küçük dipeptid olan basilisin ise L-alanine ve L-anticapsin'den oluşmakta olan bir antibiyotik olup B. subtilis tarafından sentezlenen birçok ikincil metabolitten sadece bir tanesidir. Grubumuz tarafından daha önce gösterildiği üzere, basilisin sentezi çoğunluğu algılama (quorum sensing) ve sporülasyon yolaklarına bağlı olarak bacA operonu tarafından gerçekleştirilmektedir. Basilisinin pleiotropik bir molekül olarak davrandığı ve üretici organizmanın hücresel fizyolojisini etkilediği yine grubumuzca daha önce rapor edilmiştir. Bu çalışmada ise basilisin üretemeyen mutant OGU1 suşu ve ana suş PY79'un transkriptom profilleri RNA dizileme (RNA-Seq) ile incelenmiş ve gerçek zamanlı kantitatif PCR (RT-qPCR) yöntemi ile doğrulanmıştır. RNA dizileme sonucunda farklı ifade edilen 2369 gen belirlenmiştir. 223 genin ifadesi mutant suşta artarken 2146 genin ifadesinin azaldığı gözlemlenmiştir. Grubumuz tarafından daha önce gerçekleştirilmiş olan karşılaştırmalı proteom analizlerinden elde edilen bulgular ile RNA dizileme verileri entegre edilmiş, hücresel fonksiyonlarına göre gruplandırılmış ve detaylı bir şekilde tartışılmıştır. Bu çalışma grubumuzun önceki bulgularını doğrulamış ve basilisin yokluğundan kaynaklanan pleiotropik değişikliklerin üretici organizma üzerindeki etkilerini yeni bir bakış açısıyla gözlemleme imkânı tanımıştır.