Detection of monochloroacetate degrading genotypes of pseudomonas SP.Using PCR/DNA probe assays
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyolojik Bilimler Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 1996
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: EBRU CABA
Danışman: SEMRA KOCABIYIK
Özet:ÖZ PSEUDOMONAS SP.'NİN MONOKLOROASETAT YIKIMINDAN SORUMLU GENOTİPLERİNİN PCR/DNA PROB YÖNTEMLERİ KULLANILARAK TANINMASI Caba, Ebru Yüsek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Aralık 1996, 71 sayfa Bu çalışmada, Monokloroasetat (MCA), tek karbon kaynağı olarak kullanarak, seçici zenginleştirme tekniği ile topraktan MCA parçalama özelliğine sahip 61 doğal Pseudomonas sp. susu isole edilmiştir. Bu suşlar, MCA'dan CI" iyonlarını uzaklaştırma potansiyelleri dikkate alınarak, 3 grupta sınıflandırılmışlardır: zayıf parçalıyıcılar (CI" çıkışı 0-15 ppm arasında), orta dereceli parçalıyıcılar (CI" çıkışı 16-30 ppm arasındakiler), ve güçlü parçalıyıcılar (CI" çıkışı 31-45 ppm arasındakiler). Suşların MCA yıkımından sorumlu genotipleri, gen prob yöntemi ile belirlenmiştir. Bu amaçladigoksigenin deoksiuridintrifosfat (Dig-dUTP) ile işaretlenmiş olan iki farklı gen prob (dehCI and dehCII) "Southern Blot" hibridizasyon yönteminde kullanılmışlardır. Sinyal veren blotların (toplam 24), büyük bir kısmı (18 tanesi) yalnız dehCI DNA probu ile hibridize olurken, 6 susun blotları yalnız dehCII probu ile hibridize olmuştur. Bu sonuçlar, DNA hibrizasyon yönteminin çok spesifik olduğunu ve topraktaki MCA parçalıyıcı Pseudomonas sp. suşlarının metabolik fonksiyonları ve/veya genotipleri açısından çeşitlilik gösterdiklerini ortaya koymaktadır. MCA - yıkımından sorumlu Pseudomonas genotiplerinin tanınması için DNA prob hibridizasyon yöntemine alternatif olarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılmıştır. On tane susun DNA'sından 1.5 kb büküklüğünde tek bir DNA fragman çoğaltılmış olup, 3 susun DNA'sından ise 0.564 ve 0.891 kb büyüklüğünde iki amplikon çoğaltılmıştır. Bir tane susun DNA'sından ise 0.3 kb'lik bir amplikon çoğaltılmıştır. MCA parçalıyabilen 47 susun PCR ile tanınması mümkün olmamıştır. Bu sonuçlar kullanılan dejenere primer setinin MCA - yıkım kapasitesine sahip farklı genotiplerin tanınmasında etkin olmadığını göstermiştir. MCA yıkımı ile ilgili dirençlilik markerler ve plazmit DNA'sı arasında bir bağlantı bulunamamıştır. Anahtar Kelimeler: PCR, DNA probları, dehalogenaz, hidrokarbon, Monokloroaset yıkımı. vi