Isolation of monobromoacetate and dichlaroacetate degrading bacteria from polluten seawater and analysis of haloacid de halogenaze geofypes by using polymerase choun reaction (PCR)
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyolojik Bilimler Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2000
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: BANU FIRAT
Danışman: SEMRA KOCABIYIK
Özet:öz MONOBROMOASETAT VE DİKLOROASETAT PARÇALAYAN BAKTERİLERİN, KİRLENMİŞ DENİZ SUYUNDAN İZOLASYONU VE HALOASİT DEHALOGENAZ GENOTİPLERİNİN POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PCR) İLE ANALİZİ Banu FIRAT M.S., Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Nisan 2000, 98 sayfa Bu çalışmada, MBA ve DCA seçici zenginleştirme tekniği ile kirli deniz suyundan 79 bakteri susu izole edilmiştir. İki MBA (5MBA ve 7MBA) ve iki DCA (5DCA ve 7DCA) zenginleştirme grupları, MCA den serbest CI" iyonlarını uzaklaştırma potensiyelleri dikkate alınarak, 3 grupta sınıflanmalardın zayıf parçalayıcılar (1-15 ppm arası CI" çıkışı); orta dereceli parçalayıcılar (16-20 ppm arası CI" çıkışı); ve güçlü parçalayıcılar (>21 ppm CI" çıkışı). Bu suşlardan 18' inin dehalogenasyondan sorumlu genotipleri PCR yöntemiyle analiz edilmiştir. PCR deneylerinde 3 farklı primer seti kullanılmıştır; dhlB ve dehH2 gen dizilerinin amplifikasyonu için dejenere olmayan primer setleri ve bir dejenere primer seti (SKF1 Ve SKR1 ). dhlB primeri ile PCR amplifikasyonu "MBA zenginleştirme grubundan" elde edilen DNAlarla, biri dışında başarılı sonuç vermiştir. Şablon DNAların büyük kısmıyla büyüklükleri 940 ile 190 bp arasında değişen birçok amplifikasyon fragment! elde edilmiştir. dhlB primerleri kullanıldığında 4 izolattan beklenen büyüklükte (330 bp) PCR fragment! elde edilmiştir.Bununla birlikte, MBA zenginleştirme grubu suşlarının DNA' sının dehH2 primeri ile analizi genellikle pozitif sonuç vermemiştir. DCA zenginleştirme grubu suşlarının DNA' larının dehH2 primeriyle PCR amplifikasyonu çeşitli büyüklüklerde fragmentler üretmiştir (2,160-260 bp). Tahmin edilen PCR fragmenti (506 bp) 4 susun DNAsından elde edilebilmiştir. Ayrıca, orjinal olarak topraktan MCA zenginleştirmesi ile izole ettiğimiz 15 laboratuvar izolatı DNA'sı kullanılarak da PCR yürütülmüştür. Bu bakterilerin DNAları kullanıldığında dhlB ve dehH2 ya özgü primerlerin her ikisiyle de pozitif sonuçlar elde edilmiştir. Aynı şablon DNA'lar kullanıldığında, dejenere ve dejenere olmayan primer setleri ile elde edilen PCR amplifikasyon profilleri arasında bir korelasyon görülmemiştir. Spesifik dehalogenaz genlerine özgü primer setleri ile elde edilen PCR sonuçları doğal su ve toprak habitatlarından izole edilmiş MBA, DCA ve MCA parçalayıcı suşlar arasında genotipik çeşitliliğin fazla olduğunu göstermiştir. Anahtar Kelimeler: Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), haloasit dehalogenaz, halojeni i bileşikler, monobromoasetat, dikloroasetat, biyolojik yıkım. * ı,£ ırteroĞırriM ismim P3K(MANTASY0N MEMESİ