Setd3-dependent gene expression changes during endoderm differentiation of mouse embryonic stem cells

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2022

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: EMRE BALBAŞI

Danışman: Nihal Terzi Çizmecioğlu

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Fare embriyonik kök hücreleri (EKH) kendi kendilerini yenileyebilen, pluripotent hücrelerdir. EKH'ler embriyonik gelişim sırasında üç ilkel tabaka olan mezoderm, endoderm, ve ektoderme farklılaşabilirler. Embriyonik gelişim gen ifadesi değişimlerinin zaman ve hücrelerin bulundukları yere bağlı olarak çok sıkı bir şekilde kontrol edildiği bir süreçtir. Embriyonik gelişimin gastrulasyon aşamasında, Wnt, Nodal, ve BMP sinyal yolaklarının ortak çalışması ile ilkel çizgi oluşumu, ve sonrasında da endoderm tabakasının oluşması sağlanır. Bu süreçte ana pluripotentlik ağının kapatılarak, ilkel tabakalara özgü ifade ağlarının açılması gereklidir; bu da kromatin temelli regülasyon ile sağlanır. SETD3, SET bölgesi içeren, hem histonları hem de histon olmayan proteinleri hedef alabilen bir metiltransferazdır. Daha önceki bir shRNA taramamızda SETD3'ün mesendoderm farklılaşması için gerekli faktörlerden biri olduğunu belirledik. Setd3 silinmiş EKH'ler in vitro koşullarda mesendoderm farklılaşmasını sağlayacak öncül transkripsiyon faktörlerinin ifadesini arttıramamaktadırlar. Bu projede, endoderm farklılaşması sırasında SETD3'e bağımlı gen ifadesi değişimlerini tespit etmeyi amaçladık. Bu amaçla endoderm farklılaşması deneyleri yaptık ve RNA-sekanslama yöntemini kullanarak SETD3 yokluğunda endoderm farklılaşması sırasında farklı ifade edilen genleri belirledik. Sonuçlarımız, SETD3'ün pluripotentliğin zamanla kapatılmasında ve yokluğunda gecikmiş ve kusurlu farklılaşmaya yol açan anahtar sinyal yollarına yanıt vermedeki rolünü göstermektedir.