Clouing and sequencing of a PCR amplican of a novel dehalogeuase gene from pseudomonas sp strain SEC 896

GÜROL MEHMET SÜEL

Clouing and sequencing of a PCR amplican of a novel dehalogeuase gene from pseudomonas sp strain SEC 896

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyolojik Bilimler Bölümü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 1997

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: GÜROL MEHMET SÜEL

Danışman: SEMRA KOCABIYIK

Özet:

öz PSEUDOMONAS SP. SEC 896 SUSUNDAN YENİ BİR DEHALOGENAZ GENİNİN BİR PCR AMPÜKONUNUN KLONLANMASI VE NÜKLEİK ASİT DİZİSİNİN BELİRLENMESİ Gürol M., Süei M.S., Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı Danışman : Prof. Dr. Semra Kocabıyık Yardımcı Danışman : Yrd. Doç. Dr. Mahinur Akkaya Temmuz 1997, 80 sayfa Bu çalışmada, Pseudomonas sp. strain SEC 896 susundan yeni bir dehalogenaz geninin klonlanması için bir strateji geliştirilmiştir. Bu strateji izlenerek, haloasit dehalogenaz genlerinin amino asit dizilerine homolog bir fragman, Polimeraz Zincir Reaksyonu (PCR) kullanılarak spesifik olarak çoğaltılmıştır. Dejenere PCR primer seti, bugüne dek nükleik asit dizileri saptanmış sekiz dehalogenaz enziminin büyük ölçüde korunmuş iki amino asit motifi dikkate alınarak tasarlanmıştır. Optimize edilmiş koşullar altında, PCR ~ 0.96 kb büyüklüğünde hiç birkontaminasyon içermeyen özgün bir amplikon oluşturmuştur. Bu amplikon pBS SK (+) fazmiti vektör olarak kullanılarak E. coli TG1 susunda klonlanmıştır. Klonlanmış PCR amplikonu, "Southern Blöf HybridizasyonuncJa prob olarak kullanıldığında, Pseudomonas sp. SEC 896 susunun kromozomal ONA sında olası haloasit dehalogenaz geninin pozisyonunu saptamada başarılı olmuştur. Ayrıca, klonlanmış PCR amplikonunun nükleik asit dizisi "dideoxy chain termination" yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Pseudomonas sp. strain SEC 896, haloasit dehalogenaz, klonlama, nükleik asit dizi analizi, Polimeraz Zincir Reaksiyonu, biyolojik yıkım. VI