Single tree genetic linkage mapping of taxusbrevifolia nutt. Based on random applified polymorphic DNA (RAPD) markers using DNA from haploid megagametophytes
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyolojik Bilimler Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 1994
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: BELGİN GÖÇMEN
Danışman: ZEKİ KAYA
Özet:Bu çalışmada Pasifik Porsuğu {Taxus brevifolia Nutt) için rastgele üretilen polimorfik DNA belirleyicilerine (marker) dayanan bir genetik bağlantı haritası yapılmıştır. İlk olarak, tür için tekrarlanabilirliği ve güvenilirliği yüksek olan bir protokol oluşturabilmek amacıyla bir seri polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) optimizasyon deneyi uygulanmıştır. Bu deneylerde, PCR karışımı İçerisinde düşük primer konsantrasyonu (0.2 uM) ile birlikte yüksek MgCİ£ konsantrasyonu (5.5 mM) en iyi amplifikasyon ürünlerini oluşturmuşlardır. PCR ürünleri, şablon (template) DNA'ların 37 °C'de 3 saat 0.02 ug RNase / 1 ng DNA ile işleme tabii tutulmasıyla tam olarak iyleştirilmiştir. Takip eden deneyler sığır serum albuminin (BSA) de PCR ürünleri üzerine RNase ile aynı etkiye sahip olduğunu göstermiştir.Haritalamada, tek bir tohum ağacından elde edilen 39 tohuma ait haploid megagametofit DNA'ları kullanılmıştır. Bunlar arasından oluşturulan 6Tık bir alt grup ile 345 tane on-baz uzunluğundaki rastgele sırada oligonükleotid primer taranmıştır. Bunlardan 96 tanesi en az bir polimorfik lokus belirlemiştir. Bu polimorfik primerlerden 86 tanesinin tüm popülasyon üzerinde denenmesi ile beklenen 1:1 segregasyonu gösteren 102 RAPD genetik lokusu tanınmıştır. GMendel bilgisayar programı ile 0.40 rekombinasyon değeri ve 3.00 LOD değeri kriterlerine göre yapılan bağlantı analizi, 102 lokustan 41 tanesinin 17 bağlantı grubuna dağıtıldığını ve toplam 305.8 cM kapladığım göstermiştir. Daha fazla tokusun belirlenerek haritaya eklenmesiyle geri kalan 61 lokus da bağlantı gruplarına katılabilir. Daha somaki çalışmalarla geliştirildiği takdirde bu haritadan türün gen kaynaklarının kullanılması ve genetik ıslahı konularında çeşitli şekillerde yararlanılabilir. Anahtar kelimeler: Pasifik porsuğu (Taxus brevifolia Nutt), Rastgele Üretilen Polimorfik DNA (RAPD) belirleyicileri, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR), Genetik Bağlantı Haritası. Bilim Dalı Sayısal Kodu: 401.01.03, 401.02.02 vı