Realistically simulating SARS-CoV-2 wastewater metagenome sequencing data
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: FATMA RABİA FİDAN
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Mehmet Somel
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:apılan çalışmalarla yeni bir SARS-CoV-2 varyantının atık sularda hastane kliniklerinden 2 hafta kadar daha erken gözlemlenebildiğinin gösterilmesiyle (Karthikeyan et al., 2021) varyant takibi için atık su izlemesi tarafsız ve işe yarar bir metod olarak yaygınlaşmaya başladı. Bu şekilde bir varyant takibinin tehlikeli varyantlara karşı alınan önlem politikalarında oynayacağı rol ve bunların yol açabileceği büyük düzenlemeler yüzünden bu çalışmalarda kullanılan metodların ve yazılımların test edilmesi ve doğrulanması büyük önem taşımaktadır. Bu durum, gerçekçi bir atık su SARS-CoV-2 metagenom simulatörü ihtiyacını doğurmaktadır. Biz de gerçek atık sudan gelen verinin farklı SARS-CoV-2 varyant yoğunluğu, pirmer setine özel farklı amplikon yoğunlukları ve temel hata bileşenleri gibi en önemli özelliklerini yansıtan prototip bir simülatör yapmak için adım attık. Gerçek veriye baktığımızda bazı yapay mutasyonların verisetinde bir çok okuma tarafından desteklendiğini gördük. Bu tip hataların başlıca sebepleri arasında RNA'nın örneklemesine kadar geçen sürede su içinde beklemesinden kaynaklı RNA bozulmaları ve PCR hataları yer almaktadır. Bu durum bu tarz yüksek sıklıklı hataların da simülasyonun bir parçası olmasını gerekli kılmaktadır. Biz de bu çalışmada bunu başarmak için gerçek verinin yüksek sıklıklı hata karakteristiklerini çalışıp başlıca yüksek sıklıklı hata bileşenlerini gerçekçi bir şekilde simülatörümüze uyguluyoruz. Ayrıca simülatör çıktısı verinin olası kullanım alanlarını göstermenin yanı sıra bireysel korona varyantlarını tespit etme gibi uygulama programlarında nasıl davrandığını gösteriyoruz. Atık su verisi ile kilinik veriyi karşılaştırarak iki verinin hata karakteristiklerinin farklı olduğunu gösteriyoruz.