Somatic copy number variant load in neurons of healthy controls and Alzheimer's disease patients

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2023

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: ZELİHA GÖZDE TURAN

Danışman: Mehmet Somel

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Alzheimer hastalığı (AH) etiyolojisinde somatik kopya sayısı varyasyonlarının (KSV) olası rolü tartışmalıdır. Sitogenetik çalışmalar AH beyinlerinde artan CNV yükünü rapor etsede, son zamanlarda yapılan ve tekil hücre tüm genom dizilemesi yöntemi kullanarak frontal korteks beyin örneklerini inceleyen çalışma böyle bir bulgu rapor etmemiştir. Bu çalışmada, beş farkli beyin bölgesinde (entorhinal korteks, temporal korteks, hipokampal CA1, hipokampal CA3 ve beyincik) hem lazerle kesme ve yakalama (LCM) hem de floresan ile aktive edilen hücre sınıflandırılması (FACS) yöntemiyle diseke edilen piramidal nöronlar üzerinde düşük kapsamlı tekil hücre tüm genom dizilemesi yöntemi kullanarak bu soruyu yeniden ele aldık. 13 AH hastasının ve 7 sağlıklı kontrolün beyinlerinden elde edilen 1301 hücrede güvenilir şekilde saptanan somatik KSV'ler arasında, silinmeler, kazanimlara kıyasla daha sıktır. İlginç bir şekilde, kontrollerden alınan benzer sayıda hücreye kıyasla (farklı filtreleme yaklaşımları kullanılarak %4,1'e karşı %1.4 veya %0,9'a karşı %0,7), farklılıklar istatistiksel olarak olmasa da, AH'deki hücrelerde CNV olaylarının biraz daha yüksek sıklıkta gözlemledik. Teknik açıdan, LCM ile izole edilmiş hücrelerin, FACS ile izole edilmiş hücrelere kıyasla hücre içi okuma derinliği varyasyonunun daha yüksek olduğunu gözlemledik. Hücre içi okuma derinliği varyasyonunu azaltmak için, sinyal-gürültü oranlarını önemli ölçüde iyileştiren temel bileşen analizine dayalı gürültü giderme yaklaşımı önerdik. Son olarak, AH'deki LCM ile izole edilmiş nöronların, kontrol nöronlarından biraz daha fazla okuma derinliği değişkenliği barındırdığını gösterdik; bu, AH'den etkilenen bazı nöronların rapor edilen hiperploid profilleriyle ilgili olabilir.