Structural proteomics of ftsh complexesusing cross-linking mass spectrometry

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyokimya Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2023

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: HATİCE AKKULAK

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Süreyya Özcan Kabasakal

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

FtsH proteazları, membran protein kalite kontrolünden sorumludur ve bakteri, mitokondri ve kloroplastlarda yüksek oranda korunur. FtsH, yanlış katlanmış integral membran proteinlerini parçalayan ATP'ye bağlı bir endonükleaz içerir ve bu işlemi modüle eden diğer membran proteinleri HflK ve HflC ile etkileşime girer. Bu tez, XL-MS tabanlı yapısal proteomik yaklaşımını kullanarak FtsH komplekslerinin bileşimini ve yapısını araştırdı. Protein komplekslerinin rekombinant ifadesi E. coli'de gerçekleştirildi, iç membranlar çözündürüldü ve proteinler afinite kromatografisi kullanılarak saflaştırıldı. Protein komplekslerinin yakın mesafedeki amino asitleri, çapraz bağlayıcılar aracılığıyla birbirlerine kovalent olarak bağlandı. Çapraz bağlı proteinler daha sonra enzimatik olarak sindirildi ve yüksek çözünürlüklü MS ile analiz edildi. Yaygın olarak kullanılan XL-MS yazılım araçları, MaxLynx, MeroX, MS Annika ve XlinkX, FtsH, HflK ve HflC içeren membran protein kompleksleri içindeki protein etkileşimlerini aydınlatmak amacıyla değerlendirildi. Çapraz bağlantı arama analizi, 300'den fazla proteinler arası ve protein içi etkileşim ortaya çıkardı. Sonuçlar, kompleks yapısı ve işleviyle ilgili değerli bilgiler sunuyor ve yapısal modelleme için moleküler yanaştırma metoduna uygulanabilir.