An alternative way for reduction of Salmonella in poultry products: Bacteriophages
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: MUSTAFA GÜZEL
Danışman: YEŞİM SOYER KÜÇÜKŞENEL
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Patojenik mikroorganizmaların antibiyotik direnci çok ciddi bir halk sağlığı sorunudur. Gelişen direncin temel sebeplerinden biri antibiyotiklerin veteriner ve Çiftlik hayvanlarındaki aşırı kullanımıdır. Tifo etmeni olmayan Salmonella her yıl milyonlarca vakaya sebep olan gıda kaynaklı bir patojendir. Salmonella hemen her türlü gıdada salgınlara yol açsa da temel olarak kanatlılarla ilişkilendirilir. Kanatlılardaki yüksek görünme oranına ek olarak kanatlılardan izole edilen Salmonella çoklu ilaç direnci göstermektedir. Bakteriyofajlar, kısaca fajlar, Salmonella'nın biyokontrolünde başarılı bir alternatif olarak ilgi görmektedir. Fajlar dar konakçı aralığına sahip bakteri virüsleridir ve ökaryotik hücreleri enfekte edemezler. Fajlar tıptan gıdaya kadar birçok farklı alanda değerlendirilebilir. Bu çalışmanın temel amacı büyükbaş ve kanatlı çiftliklerinde çoklu ilaç direnci gösteren Salmonella serotiplerine karşı etkili fajların izolasyonu ve karakterizasyonudur. 11 aylık bir dönemde, kanatlı çiftlikleri, büyükbaş çiftlikleri ve atık su tesisinden toplam 57 örnek toplanmıştır. Bu örneklerden 12 Salmonella ve 68 faj izole edilmiştir. Salmonella izolatlarının antibiyotik direnci profili karakterize edilmiştir. Salmonella izolatlarının %66'sı çoklu ilaç direnci göstermiştir. Genomik kümeler ve serotipler vuruşlu alan jel elektroforezi (PFGE) ile analiz edilmiştir. Enteritidis fajları en sık karşılaşılan fajlar olmuştur. İzole edilen fajlar saflaştırılıp dondurulmuştur. Fajların farklı konakçılara karşı litik profilleri belirlenmiştir. Fajların çoğunluğu geniş konakçı aralığına sahiptir. Konakçı aralığı temel alınarak en etkili fajlar belirlenmiş ve fenotipik (tek adımlı büyüme eğrisi, latent periyodu, patlama büyüklüğü, adsorpsiyon oranı ve geçirimli elektron mikroskobu (TEM)) ile genomik (PFGE, tüm genom sekansları) özellikleri karakterize edilmiştir. Fajlar ve konakçıları arasındaki dinamik ilişki bakteriyel azalma eğrisi ve virülans endeks ile analiz edilmiştir. Enteritidis fajları, düşük konsantasyonlarda bile bakteriyel büyümeyi engellemişlerdir. Çeşitli fajların yem ortamında konakçılarına karşı etkisi in vitro olarak test edilmiştir. Enteritidis fajı yem ortamında konakçı popülasyonunu önemli ölçüde azalttığı görülmüştür. Sonuç olarak, çalışmamızla birlikte potansiyel bir faj ürünü için gerekli olan temel altyapı sağlanmıştır.