Protease activities of thermophilic microorganisms isolated from hot springs in Turkey: Detection of alkaline serine protease gene sequences by polmerase chain reaction (PCR)

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyolojik Bilimler Bölümü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 1999

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: BİLGE ERDEM

Danışman: SEMRA KOCABIYIK

Özet:

öz TÜRKİYE'DEKİ SICAK SU KAYNAKLARINDAN İZOLE EDİLEN TERMOFİLİK MİKROORGANİZMALARIN PROTEAZ AKTİVİTELERİ: ALKALİ SERİN PROTEAZ GEN DİZİLERİNİN POLİMERAZ ZİNCİR REAKSYONU (PCR) İLE BELİRLENMESİ Erdem, Bilge Yüksek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Temmuz 1 999, 1 1 1 sayfa Bu çalışmada Batı, Kuzey Batı ve Orta Anadolu'daki jeotermal bölgelerdeki sıcak su kaynaklarından ve Olimpos Dağı'ndaki yanan yarıklardan toplam 24 adet aerobik termoasidofilik bakteri ve Archeabacteria izole edilmiştir. Hidrotermal bölgelerin sıcaklığı 60°C ilâ 95°C arasında değişmektedir. İzolatların büyük bir kısmı orta derecede termofilik mikroorganizmalar olup, 50°C ilâ 70°C ve pH 2-5'de optimum gelişme göstermektedir. Mikroorganizmaların bir tanesi dışında hepsi gram negatif olup çeşitli organizasyonlarda uzun ya da kısa çubuk şeklindedirler ve büyük bir kısmı spor oluşturmaktadır. İki izolat ise düzgün olmayan küçük kok şeklindedir. Tüm mikroorganizmalar azokazein hidrolizi dikkate alındığında 0.6 ünite ile 5.1 ünite arasında değişen hücre içi nötral ve / veya alkali proteaz aktivitesine sahiptir. Ancak, izolatlardan hiçbirinde, asit bir ortama adapte olmanın sonucu olarak, belirgin bir hücre dışı alkali proteaz aktivitesigörülmemiştir. Yüksek proteaz aktivitesi nedeniyle seçilen üç izolatın (898- BS1, 898-BS17 ve 898-BS24), hücre ekstraktl arında jelatin-zimografi tekniği ile SDS dirençli çoklu proteaz aktivitesi saptanmıştır. Termofilik izolatların total DNA'larından PCR ile alkali serin proteaz gen dizileri çoğaltıldığında dört farklı (650 bp, 450 bp, 400 bp ve 300 bp) fragment elde edilmiştir. Kalıp DNA'ların büyük bir kısmından bu fragmentlerin ya hepsi ya da değişik kompozüsyonlarda bazıları amplifıye edilmiştir. Çoklu PCR ürünleri bir termofilik mikroorganizmanın farklı serin proteaz genlerinin amplifikasyonlarından kaynaklanabilir. Her ne kadar bu çalışma bir taksonomik karakterizasyonu içermese de, antibiyotik direnç profilleri ve Archaea'mn 16S rRNA genlerinin amplifikasyonu için özel primerler ile PCR amplifıkasyonun başarılı olması dikkate alındığında, üç izolatın (898-BS1, 898-BS17 ve 898-BS24) termofilik Archaea bakteri olma olasılığı söz konusudur. Anahtar kelimeler: Isıya dayanıklı proteaz, termofilik bakteriler, termofilik Archaea, serin proteaz, PCR VI