Synthesis of highly fluorescent N, S co-doped carbon quantum dots and their application in fluorometric detection of G-quadruplex forming HER2 promoter region

ZEYNEP İREM BULUT

Synthesis of highly fluorescent N, S co-doped carbon quantum dots and their application in fluorometric detection of G-quadruplex forming HER2 promoter region

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, KİMYA ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2022

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: ZEYNEP İREM BULUT

Danışman: ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

İnsan epidermal büyüme faktörü reseptörü 2 (HER2), hücre gelişimi ve farklılaşmasında yer aldığı bilinen HER ailesinin bir üyesidir. HER2 geninin yüksek düzeyde ekspresyonu özellikle agresif meme kanseri formlarıyla bağlantılıdır. HER2 promotör bölgesinin stabil G-dörtlü (G4) yapısı oluşturduğu ve de HER2 ekspresyonunun düzenlenmesinde rol oynadığı MCF-7 hücreleri kullanılarak kanıtlanmıştır. Bu kapsamda, HER2 G4 yapısının tespitinin HER2 ekspresyonunun anlaşılmasında kullanılabileceği tezi ortaya çıkmıştır. Bu tez kapsamında sitrik asit ve L-sistein kullanılarak Azot ve Kükürt ortak katkılı karbon kuantum noktaları (N,S-CQD'ler) sentezlenmiş ve TEM, DLS, XRD ve XPS yöntemleri ile karakterize edilmiştir. Floresan boya olan Thioflavin T (ThT), N,S-CQD'lerin emisyonunu azaltmak için, N,S-CQD/ThT karışımı ise HER2 G4 yapısını tespit etmek için kullanılmıştır. Önerilen sensör platformunun HER2 G4 yapısına karşı yüksek hassasiyet sergilediği, tespit sınırının 0.22 M ve lineer dinamik aralığının 0.27 M ile 6.0 M olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, geliştirilen platformun, optimize edilmiş koşullar altında, diğer tek sarmallı (Poli A, dA32, dT32), çift sarmallı (dA32dT32) ve G4 yapıları (RB, Pu22, C-MYC, VEGF, BCL-2 ve K-RAS) arasında HER2 G4'e karşı yüksek seçicilik gösterdiği tespit edilmiştir. HER2 G4'ün yapısı, N,S-CQDs ve ThT ile etkileşimleri dairesel dikroizm spektoskopi ile karakterize edilmiştir. Bildiğimiz kadarıyla geliştirdiğimiz platform HER2 G4 tespiti için geliştirilmiş ilk platformdur ve HER2 G4 yapısının hızlı ve rutin ve tespitinde kullanılabileceğini düşünüyoruz.