Meta-analysis of gene expression heterogeneity in brain development and aging
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: ULAŞ IŞILDAK
Danışman: Mehmet Somel
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Yaşlanma, stokastik genetik ve epigenetik değişikliklerin birikimi ile ilişkili karmaşık bir süreçtir. Yaşa bağlı gen anlatımı değişikliklerini inceleyen önceki bazı çalışmalar, bireyler arası heterojenliğin artmasına yönelik bir eğilimin olduğunu gösterse de, bu artışın tam olarak ne zaman başladığı ve fonksiyonel sonuçlarının ne olduğu sistematik olarak çalışılmamıştır. Bu çalışmada, 298 bireyin 17 beyin bölgesini içeren 19 mikrodizi yaş serisi veri setinin meta-analizi ile bu soruları ele aldım. Yaşa bağlı gen anlatımı heterojenlik değişikliklerine inceleyerek, yaşlanma sırasında (20 ila 98 yaş aralığı) doğum sonrası gelişim dönemine (0-20 yaş aralığı) kıyasla heterojenlik tutarlılığının artışı yönünde istatistiksel olarak anlamlı bir kayma olduğu bulunmuştur. Bu sonuç artan heterojenliğin sadece zamanın genel etkisinden kaynaklanmadığını, daha ziyade yaşlanma döneminin spesifik bir etkisi olduğuna işaret ediyor. Ayrıca, bu tutarlı artış gösteren genlerin nöronal fonksiyon (akson rehberliği, postsinaptik uzmanlaşma) ve yaşlanmayla (otofaji, mTOR sinyali) ilgili biyolojik süreçler ve yolaklar ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Transkripsiyonel regülatörler (miRNA'lar ve transkripsiyon faktörleri) için gen seti zenginleştirme analizi ayrıca şunu ortaya koydu: artan heterojenlik sadece belirli regülatörlerle ilişkili değil, aynı zamanda regülatörlerin sayısı ile heterojenlik artışı arasında da pozitif bir ilişki var. Genel olarak, burada sunulan sonuçlar, artan bireyler arası gen anlatımı heterojenliğinin yaşlanan insan beyninin genel bir özelliği olduğunu göstermektedir. Ayrıca, bu artışın yaşlanma ve hastalıklarla ilgili yolaklar ve biyolojik işlevlerle ilişkili olması, artan heterojenliğin yaşlanma ile ilişkili fenotiplerin ortaya çıkmasına katkıda bulunabileceğini düşündürmektedir.