MTaxi: A comparative tool for taxon identification of ultra low coverage ancient genomes
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: GÖZDE ATAĞ
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Mehmet Somel
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Morfolojiye dayalı olarak iskelet kalıntıları kullanılarak yakın türlerin taksonomik sınıflandırılması sırasında, özellikle kalıntılar parçalanmış olduğunda çeşitli zorluklarla karşılaşılmaktadır. Eğer tanımlanması gereken tür çiftinin benzer kalitede çekirdek referans genomları bulunuyorsa, kalıntılardan elde edilen antik DNA (aDNA) dizilenerek, her iki referansa karşılaştırmalı hizalama yapılabilir. Ancak, bu yaklaşımın başarısı, örneğin genom kapsamının ne kadar düşük olduğuna bağlı olarak değişebilir. Bu çalışmada, yüksek erişilebilirlikteki mitokondriyal DNA (mtDNA) kullanarak, MTaxi adında yeni bir alternatif yöntem sunulmaktadır. MTaxi, aday tür çiftlerinin dizi okumalarını taksonlardan birine atamak için mitokondriyal transversiyon tipi türler arasında fark gösteren değişimleri kullanır ve okuma oranlarına binom testi yapılarak örnek taksonu belirlenir. MTaxi'yi test etmek için arkeolojik sınıflandırmaları özellikle sorunlu olabilecek koyun/keçi ve at/eşek verileri kullandık. Simüle edilmiş antik mitogenomlar üzerinde yapılan analizler ile, MTaxi'nin her iki tür için de 0.3x mtDNA kapsamında başarılı olduğunu ve yanlış pozitif sonuçlar vermediğini belirledik. Ayrıca, yayınlanmış antik koyun/keçi ve at/eşek örneklerinde de %100 doğruluk elde ettik. MTaxi, antik DNA çalışmalarında ultra düşük kapsamlı verileri kullanarak birbirine yakın tür çiftlerinin sınıflandırılması için etkili bir yaklaşım olarak kullanılabilir.