Investigation of plasmid mediated colistin resistance phenotypically and genotypically in Salmonella and E. coli isolates in Turkey
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, GIDA MÜHENDİSLİĞİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: SERAY TOK
Danışman: YEŞİM SOYER KÜÇÜKŞENEL
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Kolistin, günümüzde Gram-negatif bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinde son çare antibiyotiği olarak kullanılmaktadır. Kolistinin aşırı ve uygunsuz kullanımı, Gram-negatif bakterilerde kolistin direnci gelişimine neden olmuştur. Yapılan çalışmalar, kolistin direncine neden olan plasmid kanyaklı mcr genlerinin varlığını ortaya koymuştur. Bu genin yatay gen transferiyle farklı bakteri türleri arasında yayılımının mümkün olduğu görülmüştür. Bu çalışmada E. coli ve Salmonella izolatlarında kolistin direnci ve yıllar içerisinde kolistin direncindeki değişim incelenmiştir. Bu amaçla, güncel popülasyonu temsil eden izolatlar, 2018-2019 yılları arasında Ankara'nın çeşitli bölgelerinden toplanan 238 tavuk eti örneğinden elde edilmiştir (36 E. coli, 16 Salmonella). Eski popülasyonu temsil eden ve METU izolat koleksiyonundan elde edilen 197 Salmonella izolatı 2010-2015 yılları arasında, Türkiye'nin farklı şehirlerinden toplanan insan, hayvan ve gıda örneklerinden, eski poplülasyonu temsil eden 48 E. coli izolatı ise, 2011-2015 yılları arasında çeşitli gıda örneklerinden izole edilmiştir. Tüm izolatlarda kolistin direnci ve yeni izolatlarda kolistin dışında 18 farklı antibiyotiğe karşı direnç araştırılmıştır. Fenotipik direnç tespitinde , disk difüzyon ve MİK mikrodilüsyon yöntemleri kullanılmıştır. Genotipik direnç tespitinde ise PCR yöntemi kullanılmıştır. Yeni E. coli ve Salmonella izolatlarında kolistin direnci %25 ve %53, eski E. coli ve Salmonella izolatlarında %0 ve %8 olarak tespit edilmiştir. Bu sonuçlar, kolistin direncinin zaman içerisinde arttığını göstermektedir. Bu çalışmada kullanılan izolatlarda, kolistin direncinin plazmid kaynaklı mcr genlerinden kaynaklanmadığı, kromozomal mutasyonlardan kaynaklanıyor olabileceği sonucuna varılmıştır. Bu varsayımın doğruluğu gelecekte yapılacak olan çalışmalarla araştırılmalıdır.