Construction and analysis of tissue/disease specific protein-proteininteraction networks by integrating large scale transcriptomedata with genome scale protein-protein interaction networks

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü, TIP BİLİŞİMİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2022

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: ARZU BURÇAK ŞENKAL

Danışman: TOLGA CAN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Entegre genom ölçekli ağların analizi, yüksek hacimli verilerin heterojen yapısı nedeniyle zorlu bir problemdir. Biyolojik ağların nitelendirilmesi amacıyla kullanılan çizgecik sayıları ve derece dağılımları gibi çeşitli topolojik ölçütler bulunmaktadır. Bu tezde, etiketli, çoklu ve yönlü çizgeler şeklinde modellenmiş, entegre genom ölçekli ağlarda bulunan çizgecik kalıplarını saymak için yöntemler sunuyoruz. Bu çalışmanın ilk bölümünde, entegre ağları oluşturmak için, Pathway Commons veritabanından, proteinler arasında var olan metabolik, düzenleyici ve fiziksel etkileşim verileri alınmıştır. Daha sonra bu veriler, hastalık ve dokuya özgü proteinler kullanılarak filtrelenmiştir. Yönsüz protein-protein etkileşim ağları üzerinde uygulanan çizgecik sayma yaklaşımı yönlü ve çoklu etiketli etkileşim ağları için kullanılmak üzere genişletilmiştir. Belirlenen çizgecik sayıları karşılaştırmalı analizde kullanılmak amacıyla ağların göstericisi olarak belirlenmiştir. Ayrıca aynı derece dağılımlarına sahip gerçek ve rastgele oluşturulmuş ağların karşılaştırılması sonucunda çizgecik sayılarının istatistiksek önemi belirlenmiştir. Geliştirdiğimiz uygulama, durum bazında farklılık gösteren çizgeciklerin analizi ve çizgecik sayı vektörlerinin duruma özel oluşturulmuş ağların kümelenmesi yönlerinden değerlendirilerek sonuçlar paylaşılmıştır. Tezin ikinci kısmında ise, çizgecik sayıları ağ düğümü (protein) bazında değerlendirilmiştir. Belli kanser tiplerine özel proteinler kullanılarak oluşturulan entegre etkileşim ağları, 3 ve 4 ağ düğümlü çizgeciklerin sayımı için kullanılmış, bu etkileşim ağları ağ düğümü tabanlı çizgecik sayıları kullanılarak analiz edilmiştir.