Transcriptome analysis of Thermoplasma volcanium GSS11 under extreme stress

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyolojik Bilimler Bölümü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2015

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: SEMA ZABCI

Danışman: SEMRA KOCABIYIK

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmada, arkeabakterilerde stres karşıtı mekanizmaları anlamak için, Thermoplasma volcanium'da ağır stres koşulları altında ( ısı stresi 68 ºC, oksidatif stres ve pH5.0' te pH stresi) genom boyuntunda transkriptom analizi, tüm genom gen ekspresyon mikrodizinleri kullanılarak yürütülmüştür. Üç stresöre tepki olarak değişen gen anlatım profile, protein sentezi, gen yazılımı, hücre hareketi ve enerji metabolizması gibi önemli hücresel süreçlerde yer alan genlerin anlatımının azalmasına bağlı olarak hücre gelişiminin yavaşladığını göstermiştir. Buna ek olarak ısı şoku, ısı şoku proteinlerini (örneğin, GroEL, GrpE, DnaK, and DnaJ) kodlayan genlerin transkripsiyon düzeylerinin artmasına neden olmuştur. En fazla sayıda ekspresyonu artan gen sayısı pH stresi sırasında kaydedilmiştir. T.volcanium'un pH stres tepkisi, ürünleri hücre içi pH homeostazını sürdürmek için cok önemli olan birçok taşıyıcı geninin indüklenmesi ile tanımlanmıştır. Oksidatif stres genellikle gen anlatımının azalmasını tetiklemiştir. Oksidoredüktazlar, Fe-S oksidoreduktazlar, aldo/keto redüctazlar ve dehidrogenazların yüksek miktarda üretimi H2O2 'in neden olduğu oksidatif strese tepki olarak, hücre içi redoks potansiyellerini devam ettirmek ve serbest radikallerin detoksifikasyonu için önemli olabilir. Diğer taraftan, üç stres sinyaline tepki olarak, bazı transkripsiyon düzenleyicileri ile karbonhidrat metabolizması ve transportun aktivasyonu da saptanmıştır. Mikrodizin verilerinin qRT-PCR ile doğrulama çalışması, her iki teknikle elde edilen sonuçların uyuştuğunu göstermiştir