Cloning and expression of a haloacid dehalogenase gene from pseudomanas sp. strain ISS ın E. coli

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyolojik Bilimler Bölümü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 1995

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: BUĞRAER ASLAN

Danışman: SEMRA KOCABIYIK

Özet:

oz PSEUDOMONAS SP. 19S SUSUNDAN BİR HALOASİT DEHALOGENAZ GENİNİN E. COLİ'YE KLONLANMASI VE EKSPRESYONU Aslan, Buğraer Yüksek Lisans, Biyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Semra Kocabıyık Nisan, 1995, 77 sayfa Bu çalışmada Pseudomonas sp. susu 19S'in çeşitli haloalkanoik asitlerin kullammmdan sorumlu bir dehalogenaz enziminin geni E. co/z'ye klonlanmış ve ekspres edilmiştir. Klonlamada izlediğimiz strrateji Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılarak, Pseudomonas dehalogenaz genine homolog bir fragmanın spesifik olarak amplifikasyonuna dayanmaktadır. Elde edilen PCR amplikon probe olarak kullanıldığında, Bam HI ile kesilmiş Pseudomonas sp. 19S total DNAsmda Southern Blot ile dehalogenaz geninin pozisyonunun saptanmasında başarılı olmuştur. Bu pozisyona karşılık gelen fragmanlar, pUC 18 vektöre bağlamp E. coli MV1190 susunda klonlanmışlardır. Dehalogenaz aktivitesi oldukça yüksek (70%) bir klon5.5 kb'lık bir fragman taşıyan bir plazmite (pUC 18.5SB) sahiptir. Rekombinant bakterinin hücre özütünde, orijinal bakterirünkinden daha yüksek dehalogenaz aktivitesi bulunmuştur. Klonlanan dehalogenaz geni, Southern Blot Hibridizasyonunda, PCR amplikon prob olarak kullanıldığında rekombinant plasmid DNA'smda gözlenmiştir. Klonlanmış deh CI ve deh CII yapısal genlerinden hazırlanmış DNA problar, kullandığımız deney koşullarında, Pseudomonas sp. 19S genini saptayamamışlardır. Southern Blot Hibridizasyonda, markalama ve sinyal oluşumunda radyoaktif olmayan Biyotin sistemi başarı ile kullamlmıştır ki radyoaktif sistemin dezavantajlarını ortadan kaldırmaktadır. Anahtar kelimeler: Pseudomonas, dehalogenaz, PCR, klonlama, biyodegredasyon vı