Isolation and Characterization of Salmonella Bacteriophages
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, GIDA MÜHENDİSLİĞİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: AYSU DENİZ
Danışman: Yeşim Soyer
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Dünyada çok sayıda gıda kaynaklı enfeksiyon ve salgın Salmonella ile ilişkilendirilmektedir. Bu da Salmonella'yı insan sağlığı ve ekonomik açıdan büyük bir problem haline getirmektedir. Bu nedenle Salmonella prevalansının gıdalarda ve gıda işleme alanlarında düşürülmesi büyük önem taşımaktadır. Antibiyotikler, Salmonella ile mücadele etmek amacıyla gıda üretiminin bir çok aşamasında yaygın olarak kullanılan maddelerdir. Ancak antibiyotik dirençlilik gibi antibiyotik kullanımının sebep olduğu endişeler, Salmonella'nın ortamdan eleminasyonu için daha güvenli yöntemlerin arayışına yol açmaktadır. Bakteriyofajlar, kısaca fajlar, bakterileri konakçı olarak kullanan virüsler olduğundan Salmonella kontrolü için ümit vaadeden araçlar olarak görülmektedir. Bununla birlikte GRAS statüsü alabilmek ve endüstride kullanılabilmeleri için özelliklerinin iyi tanımlanmış olması gerekmektedir. Ayrıca Salmonella serovarlarının dağılımı coğrafi olarak değişiklik gösterdiğinden, biyokontrol uygulamalarında da bölgesel etkiler önem taşımaktadır. Bu sebeple başka ülkelerde tasarlanan bakteriyofaj ürünleri Türkiye'deki izolatlara karşı yeterli etkiyi göstermeyebilir. Bu çalışma, antibiyotiklere alternatif olarak Türkiye'nin farklı bölgelerinden gelen sığır, kanatlı dışkılarından ve atık sudan Salmonella bakteriyofajları izole ve karakterize etmeyi amaçlamaktadır. Bu amaçla, toplamda 25 Salmonella fajı izole edilmiştir. En çok sayıda elde edilen faj S. Enteritidis'e karşı olup S. Typhimurium, S. Kentucky, S. Hadar, S. Telaviv ve S. Anatum fajları da izole edilmiştir. Bir sonraki aşamada fajların titresi ve konakçı aralığı belirlenmiştir. Konakçı aralığı analizi, fajların farklı Salmonella izolatları üzerindeki etkinliğini ortaya çıkarmış olup atık sudan izole edilen fajların, dışkıdan elde edilenlere kıyasla daha geniş konakçı aralığına sahip olduğunu göstermiştir. En geniş konakçı aralığına sahip olan faj S. Telaviv fajı olarak tanımlanmıştır ve kullanılan serotiplerin %77.7 sinin üstünde kısmen veya tamamen etki göstermiştir. Bunlara ek olarak, fajların kokteyllerde kullanılmaları için önemli parametreler olan patlama boyutları ve latent periyotları, tek aşamalı büyüme eğrisi deneyleri ile belirlenmiştir. En yüksek patlatma boyutuyla birlikte (236 POB/hücre) en kısa latent periyodu (15 dk), P1-224 fajı göstermiştir. Bakteriyofajlar ayrıca genom boyutlarının belirlenmesi amacıyla Vuruşlu Alan Elektroforezine (PFGE) tabi tutulmuş olup genom boyutlarının 33-124 kb arasında yer aldığı saptanmıştır. Çalışmada, faj izolasyonundan ayrı olarak dışkı örnekleri ve atık sudan Salmonella izolasyonu da gerçekleştirilmiştir. Toplamda 4 Salmonella suşu izole edilmiş olup bu suşların serotipleri yine PFGE aracılığıyla belirlenmiştir. Bu çalışma, gıda güvenliğinde kullanılmak üzere büyük önem taşıyan bakteriyofajların, faj-konakçı ilişkilerinin belirlenmesi ve fajların yapısal farklılıklarının daha iyi anlaşılmasını sağlamıştır.