Towards a general descriptor for the prediction of PKA
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, KİMYA ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: AYŞE GÖÇER
Danışman: ANTOINE MARION
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Moleküllerin pKa'sını doğru, genel ve verimli protokollerle tahmin etmek, birçok uygulama için, özellikle protein modellemesi için gereklidir. Örneğin, tek tek pKa amino asitleri sulu çözeltilerde bilinmesine rağmen, protein ortamında ve genel olarak farklı bir ortamda değişebilir. Desolvasyon, hidrojen bağı veya yük yükü etkileşim- leri bu tür pKa kaymasına neden olabilir ve kimyasal reaksiyon sırasında moleküllerin bağlanma tercihlerini açıklamak genellikle çok önemlidir. QM tabanlı, MM tabanlı, süreklilik tabanlı ve bilgi tabanlı yöntemler gibi yaklaşımlarla pKa değerlerini tah- min etmenin çeşitli yolları vardır. Bununla birlikte, bu yaklaşımlar genellikten yoksun olma eğilimindedir ve genellikle yalnızca belirli molekül sınıflarının pKa'sını tahmin etmek için uyarlanmıştır. Amacımız, proton afinitesinin bir molekülden diğerine ve bir ortamdan diğerine değişmesini sağlayan şeyin özünü kavrayacak genel bir elekt- ronik tanımlayıcı belirlemektir. Protokolümüz, başlangıçta elektronik uyarma üzerine moleküler elektron yoğunluğundaki topolojik değişiklikleri karakterize etmek için ta- sarlanmış tanımlayıcılara dayanmaktadır. Bu araçları başka bir amaca uygun hale ge- tirerek, pKa kavramını çeşitli moleküler ortamlara, yani gaz fazından bir protein içine aktarılabilen kesin elektronik tanımlayıcılarla rasyonalize etmek için de-protonasyon üzerine elektron yoğunluğunun yeniden düzenlenmesini keşfetmeyi amaçlıyoruz.