Genomic characterization of cephalosporin, quinolone and macrolide resistance in Salmonella enterica
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: DIALA KONYALI
Danışman: Yeşim Soyer
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Salmonella enfeksiyonları gelişmiş ülkelerde olduğu kadar gelişmekte olan ülkelerde de önemli bir yük olarak görülmektedir. Tifoidal olmayan Salmonella (NTS), her yıl %85'i gıda kaynaklı olmak üzere 90 milyondan fazla gastroenterit vakasına neden olur. Salmonelloz, sağlıklı yetişkinlerde genellikle kendi kendini sınırlar, ancak risk gruplarında şiddetli olabilir. Antimikrobiyal tedavi gerektiğinde florokinolonlar, makrolidler ve sefalosporinler önerilir. Salmonella, DNA Giraz ve Topoizomerazdaki kromozomal mutasyonlar ve plazmit aracılı kinolon direnci (PMQR) vererek bu antimikrobiyallere artan direnç gösterir ve ayrıca blaCTX ve blaCMY gibi bazı geniş spektrumlu beta-laktamaz genlerine sahiptir. Bu çalışmada 2005-2020 yılları arasında gıda, hayvan, insan ve çevreden izole edilen 373 Salmonella izolatının direnci belirlenmiştir. Bu direncin fenotipik incelemesi, ampisilin, seftiofur, sefoksitin, seftriakson, sefalotin, siprofloksasin, pefloksasin, nalidiksik asit, trimetoprim-sülfametoksazol, sülfizoksazol, azitromisin ve kanamisin disk difüzyon yöntemiyle yapılmıştır. Sonrasında siprofloksasin, pefloksasin, seftriakson ve azitromisin antibiyotiklerinden herhangi birine direnç gösteren izolatların yanı sıra PCR ve jel elektroforezi ile kinolon ve makrolid direnç genleri ve beta laktamaz genlerinin varlığı açısından test edilmiştir. Florokinolonlara direnç gösteren izolatlar %32'den fazlaydı (122/373). Kinolon direncinden sorumlu olan mutasyona uğramış parC ve gyrA genlerinin prevalansının arttığını gözlendi. Seftriakson'a direnç gösteren izolatlar %2 olarak (8/373) gözlemlendi. Makrolidlerin ise, %42'si (106/250) fenotipik olarak direnç gösterdi ve %10'unda mphA geni tespit edildi. Direnç genlerine sahip olan MDR izolatları daha sonra dizelendi ve karakterize edildi.