Mutation-centric graph networks: İntegrating local and distal genomic context

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü, Sağlık Bilişimi Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2026

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: RAMAL HUSEYNOV

Danışman: Burçak Otlu Saritaş

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Somatik mutasyonlar normal hücrelerin kansere dönüşümünü tetikler, ancak büyük çoğunluğu kodlama yapmayan bölgelerde meydana gelir ve işlevsel sonuçları hala tam olarak anlaşıla- mamıştır. Temel zorluk, kodlama yapmayan mutasyonların, genomun üç boyutlu kromatin mimarisi aracılığıyla uzak genleri düzenleyebilmesidir; bu boyut, doğrusal dizi tabanlı yak- laşımların tamamen gözden kaçırdığı bir boyuttur. Bu çalışmada, uzun menzilli kromatin etkileşim verilerini yerel genomik örtüşme ve gen açıklamalarıyla entegre ederek bu düzen- leyici manzarayı modelleyen, grafik tabanlı bir hesaplama çerçevesi olan MutationNetwork'ü sunuyoruz. Her somatik mutasyonu bir başlangıç noktası olarak kullanan çerçeve, yerel ve uzak genomik bağlamları yakalamak için kromatin etkileşim ağını yinelemeli olarak tarar. Grafiği örtüşen ve etkileşimli aralıklar aracılığıyla genişleterek, model farklı topolojik de- rinliklerde erişilebilen genleri tanımlar. Simetrik bir tamsayı indeksleme şeması, etkileşim ve örtüşme ilişkilerinin sabit zamanlı olarak alınmasını sağlayarak yaklaşımı tüm genom ko- hortlarına ölçeklenebilir hale getirir. 560 meme kanseri tam genom dizisine uygulanan bu çalışmada, kromatin etkileşim ağından türetilen mutasyon özelliklerinin, doğrudan mutasyon- gen doğrusal yakınlığından daha etkili bir şekilde Üçlü Negatif Meme Kanseri'ni Luminal A tümörlerinden ayırdığını gösteriyoruz. Bu sonuçlar, somatik mutasyonların üç boyutlu düzen- leyici bağlamının, kanser alt tipi sınıflandırması için biyolojik olarak anlamlı ve hesaplama açısından erişilebilir bilgiler taşıdığını göstermektedir.