Inter-tissue convergence of gene expression and loss of identity during ageing

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2023

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: HAMİT İZGİ

Danışman: Mehmet Somel

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Gelişim sırasındaki gen ifadelerinin değişim yönünün, yaşlanma sırasında tersine dönmesi primat beyin dokularında önceki çalışmalarda gözlemlenmiştir. Bu tersine dönme örüntüsü, yaşlanma sırasında hücresel kimlik kaybıyla ilişkilendirilmiştir. Bu gözlemden yola çıkarak, tersine dönmenin yaygınlığını farklı fare dokularını kulla- narak inceledik. 16 farenin korteks, akciğer, karaciğer ve kas dokularından, hem ge- lişim hem de yaşlanma dönemlerini kapsayan transkriptom verileri ürettik. Yaygın olarak gözlemlediğimiz tersine dönme örüntüsü dokular arasında ortaklık gösterme- mektedir. Buradan yola çıkarak yaptığımız analizler sonucunda, tersine dönme örün- tüsü yeni bir olguyu ortaya çıkarmaktadır: doğum sonrası gelişim döneminde doku transcriptomları birbirinden uzaklaşırken, yaşlanma sırasında benzer gen ifade sevi- yelerine yakınsamaya başlamaktadır. Ayrışma-Yakınsama olarak adlandırdığımız bu örüntünün dokulara özgü genlerle ilişkili olduğunu ve yaşlanma sırasında doku kim- lik kaybına işaret ettiğini gösterdik. Daha önce yayınlanmış bağımsız fare ve insan verilerini kullanarak bu gözlemimizin yaygın olabileceğini gösterdik. Ayrıca, yine daha önce yayınlanmış bir tekil hücre transcriptome verisini kullanarak, ayrışma-yakınsama örüntüsünün hem dokulardaki hücre tiplerinin oranlarındaki değişimlerden hem de hücrelerin otonom gen ifadesi değişikliklerinden kaynaklanabileceğini gösterdik.