Affinity and selectivity of azacyanines to G-quadruplex forming promoter regions
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyokimya Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: FAHRİYE NUR KIRMACI
Danışman: ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:DNA çok kademeli, kompleks bir düzenlemeye sahiptir. Promotörler, DNA'da transkripsiyonun başlamasını etkinleştirmeden sorumlu en önemli düzenleyici yapılardan biridir. Genel olarak görülen Watson-Crick ikili sarmal DNA yapısından farklı olan G-dörtlü sarmal yapısının da bazı genlerin promotör bölgelerinde bulunduğu yapılan son çalışmalar ile gösterilmiştir. G-dörtlü sarmal (G4) yapıları, belirli guanin dizileriyle oluşan G-dörtlüsü adı verilen yapının π-π istiflemesiyle oluşan dörtlü sarmal helikslerdir. Yeni çalışmalar bu kanonik olmayan yapıların sağlıklı hücrelerde kritik olan proteinlerin ekspresyonlarını değiştirdiğini göstermiştir. Transkripsiyonu değiştirmeleri sebebiyle de bu yapıların hücrelerin kanserli dokuya dönüşmelerinde rol aldığı düşünülmektedir. Bu sebeple, G-dörtlü sarmal yapı oluşturma kapasitesine sahip promotör bölgeler son yıllarda kansere karşı ilaç geliştirme çalışmalarındaki hedeflerden biri haline gelmiştir. Bu tez kapsamında, beş farklı Azasiyanin türevi tarafından (Azametil, Aza4, Aza5, Azabütil ve Azaisobütil), G4 sarmal yapısı oluşturan c-MYC (Cellular Myelocytomatosis), B-Cell CLL/lymphoma 2 (BCL-2), Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF), Kirsten Rat Sarcoma (KRAS), Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER-2) ve Retinoblastoma (RB) promotör bölgeleri arasında en çok c-MYC bölgesinin seçildiği rekabetçi diyaliz yöntemi ile gösterilmiştir. Elde edilen bulgular doğrultusunda Azametil ve c-MYC etkileşimleri UV-Vis, Floresans and Dairesel dikroizm spektroskopileri kullanılarak daha detaylı olarak incelenmiştir. Gerçekleştirilen termal denatürasyon çalışmaları, Azametil'in varlığının c-MYC promotör bölgesindeki G-dörtlü yapısının kararlılığını arttırdığını göstermiştir. c-MYC G4'nün termal denatürasyon sıcaklığının farklı derişimlerde Azametil varlığında 20°C'ye kadar arttığı gözlemlenmiştir. Son olarak, c-MYC ile Azametil arasıdaki bağlanma sabiti 2.9 x 105 ±1.4 x 104 M-1 olarak floresans spektroskopi ile tespit edilmiştir.