Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2020
Öğrenci: Zeynep Eran
Danışman: GÜLAY ÖZCENGİZ
Özet:Bu çalışmada, Salmonella enterica serotip Typhimurium 14028’de marT geni ile ilgili olabileceği düşünülen ve her biri biyofilm oluşumunda rol alan 14 farklı gen (fimA, fimD, fimF, fimH, stjB, stjC, csgA, csgD, ompC, sthB, sthE, rmbA, fliZ ve yaiC) ve bunların yanısıra aynı suşun marT geni bakımından bozulmuş olan bir türevi olan MZ1627 suşu marT ile regülasyon özelliklerine göre incelenmiştir. Adı geçen aday genlerin karşılaştırmalı analizleri için herbir gen antibiyotik kaset mutajenezi (insersiyonu) yoluyla ayrı ayrı mutasyona uğratılmış, aynı işlem, otoregülatör fonksiyonun test edilmesi amacıyla marT geni için de tekrarlanarak toplam 15 farklı mutant suş elde edilmiştir. Daha sonra bu suşların her biri marT geninin arabinoz ile indüklenen BAD promotoru altına klonlanarak ekspresyonunun kontrol altına alındığı rekombinant plasmid (pBAD24+marT) ile transforme edilerek her bir tekli genin ekspresyon seviyesinin marT indüksiyonu varlığında ve yokluğunda nasıl değiştiği belirlenmiştir. QRT-PCR sonuçlarına göre, marT geni, incelenen 14 genin regülasyonu açısından önemli bir role sahiptir. Yine bu sonuçlar, marT geni tarafından kodlanan proteinin aynı zamanda kendi promotorunu da pozitif olarak düzenleyen bir oto-regülatör olduğuna işaret etmiş, genel anlamda da MarT proteininin sadece ototransporter bir protein kodlayan misL gen ekspresyonunu düzenlemekle kalmayıp aynı zamanda Salmonella'da global bir regülatör görevi gördüğünü düşündürmüştür.Bu çalışmada, MarT regülasyonuna tabi tutulan mutant genleri taşıyan suşlar, parental suş 14028’e kıyasla, polistiren yüzeylerde biyofilm oluşturma kapasiteleri de incelenmiştir. 24 ve 48 saatlik inkübasyonlar sonucunda, her bir mutant suşa ait biyofilm oluşum kapasitelerinde istatistiksel açıdan (p< 0.05) dikkate değer bir düşüş olduğu gözlenmiştir. fliZ, ompC, rmbA, stjB ve stjC genlerinin Salmonella’da biyofilm oluşumuyla doğrudan ilişkili oldukları ve yokluklarında biyofilm oluşumunda ciddi bir düşüş olduğu anlaşılmıştır. Bir sonraki aşamada mutant suşların parental suşa kıyasla hücre yüzeylerine tutunma özellikleri incelenmiş ve bunun için Caco-2 ve HEp-2 hücreleri kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlara gore, tutunmanın etkili bir şekilde gerçekleşmesi için tek gen mutasyonları yeterli olmamaktadır. Global regülatör MarT’nin, biyofilm oluşumu için başlıca düzenleyici gen olan csgD ekspresyonunu da kontrol etmesi, bu çalışmanın en önemli bulgularından birisidir. Giderek artan antibiyotik dirençliliği krizinin neden olduğu “antibiyotikler sonrası” çağımızda, MarT’ye spesifik kimyasal inhibitörlerin geliştirilmesiyle Salmonella Typhimurium enfeksiyonları özelinde biyofilm oluşumunu hedef alan yeni çözümler bulunması yönünde öncü bir rol oynayacağı düşünülmektedir.