Research Information System
Türkiye 13. Gıda Kongresi, Çanakkale, Turkey, 21 - 23 October 2020, pp.138
Şekerler biyokullanılabilirliği, son ürün kalitesini ve üretim verimini etkileyen birçok yapısal özelliğe sahiptir bu sebeple değişen koşullar altındaki yapısal davranışlarının incelenmesi esastır. Bu araştırmanın amacı fruktoz ve glikoz şekerlerinin, su ile etkileşimlerini, kristalizasyon eğilimlerini, moleküller arası itme-çekme kuvvetlerini ve sulu çözeltilerdeki belirli davranışlarını Moleküler Dinamik (MD) simülasyon tekniğini kullanarak karşılaştırmak ve tekniğin gıda sistemlerine uygulanabilirliğini göstermektir. Çalışmada MD simülasyonlar GROMACS 5.1 simulasyon paketi araçları kullanılarak, şekerlerin 25 °C‘deki doyma konsantrasyonunu referans alınıp bu değerin 0,50 0,75, 1,25 ve 1,50 ile çarpılmasıyla elde edilen doymamış, aşırı doymuş sistemlerin modellenmesiyle tamamlanmıştır. Molekül yapı dosyaları Protein Veri Bankasından elde edilmiş ve CHARMM-GUI Girdi Üreticisi kullanılarak da CHARMM kuvvet alanında kullanılmak üzere topoloji dosyaları üretilmiştir. Simülasyonlar neticesindeki zaman içerisinde değişen sistem davranışları, Ortalama Karekök Sapma (RMSD), Çözgen Erişebilir Yüzey Alanı (SASA) ve eylemsizlik yarıçapı (Rg)‘ı ile izlenmiş ve sistemlerin yapısal denge özellikleri, Radyal Dağılım Fonksiyonu (RDF), Hidrojen Bağ Sayısı, RMSD, SASA, Rg ve bağlı olmayan potansiyellerin hesaplanmasıyla değerlendirilmiştir. Sonuçta kristalizasyon eğilimi beklenen sistemlerde RMSD ve SASA değerlerinin küçülerek dengeye ulaştığı, şeker molekülleri arasındaki H-bağı sayısında konsantrasyon ile artış olduğu ve kristal yapıya katılması beklenen moleküllerin arasında çekme kuvvetlerinin baskın olduğu gözlenmiştir.