Tatlı sularda, fitoplankton yoğunluğunun belirlenmesinde suda bulunan besin tuzlarının (özellikle, azot ve fosfat) yoğunluğu (aşağıdan-yukarıya kontrol) ve zooplanktonun (Daphnia spp.) (yukarıdan-aşağıya kontrol) rolleri uzun zamandır tartışılmaktadır. Su kalitesinin bozulmasında veya aşırı fitoplankton üremesinde besin tuzlarının yoğunluğunun yüksek olmasının öneminin yaygın olarak kabul edilmesi; tatlı sulara ulaşan besin tuzlan (özellikle, fosfat) uzaklaştırılmasının ötrofikasyonun kontrol edilmesinde önemli yöntem olarak yaygın uygulanmasına neden olmuştur. Bir çok çalışmanın bulguları, besin tuzlarının uzaklaştırılması derin göllerde oldukça etkili olurken sığ göllerde ise yetersiz kaldığını göstermiştir. Çünkü sığ göllerde göl tabanından uzun süre devam eden besin tuzları salınımı su kalitesinin sadece bu yöntemle iyileşmesini engellemiştir. Üst tüketicilerin, örneğin planktivor ve piskivor balık, besin zincirinin alt gruplarını kontrol etmedeki rolü esasına dayanan "biyomanipülasyon' tekniği, besin tuzlarının kontrolü ile birlikte ötrofik sığ göllerde fitoplankton biyomasının kontrolünde çok etkili olmuştur. Sığ göllerde plantivor balık biyomasının azaltılması bir başka deyişle biyomanipülasyonu ile artan su kalitesi. ışık geçirgenliği, ötrofikleşme ile yok olan göl içi bitkilerinin artamasını sağlamakta ve su altı bitkilerinin artan biyoması sistemi sahip oldukları kontrol mekanizmaları ile su kalitesindeki iyileşmeyi kararlı hale getirmektedir. Derin ve büyük göllerde biyomanipülasyon tekniğinin, etkili olması sığ göllere göre daha zıyıf bir olasılıktır, çünkü derin göllerde fitoplankton biyomasının yukarıdan-aşağıya kontrolü zayıflayarak etkisizleşmektedir.
There has been a much debate about the relative importance of the determination of phytoplankton crops by nutrients (bottom-up control) or by zooplankton grazing (top-down control). Wide acceptance of the importance of nutrient concentrations in water quality deterioration has brought about external nutrient control by which eutrophication is, to some extent, reversible, and which has been proved its effectiveness mostly in deep lakes. In shallow lakes its effectiveness has not been as pronounced, owing to internal nutrient loading. Because the non-linearity of responses of biological systems is much more accentuated in small and shallow lakes. The use of profound effects of lop level consumers, such as fish, is called biomanipulation and is generally regarded as a feasible technique in aquatic management, specifically for the control of algal biomass through the trophic pyramid in addition to external nutrient control. However, in deep and large lakes, biomaniplation is less likely to result in improved water quality than in shallow lakes owing to the weakened top-down effect near the bottom of food web. In shallow lakes, if increased water clarity through fish removal was associated with redevelopment of dense macrophytes, sustainable water quality improvement would be achieved due to clear water stabilizing mechanisms of macrophytes.
