ÖSTROJENE CEVAP VEREN BİR MEME KANSERİ HÜCRE HATTI MODELİNDE TRANSKRİPTOMUN 3' UCU ÇEŞİTLİLİĞİNİ AYDINLATMAK
Tez Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyolojik Bilimler Bölümü, Türkiye
Tez Danışmanı: Ayşe Elif Erson Bensan
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: İngilizce
Özet:
Yeni nesil dizileme teknikleri, kanser transkriptomlarının daha iyi anlaşılmasını sağladı. Gelişmelere rağmen, transkriptomun kanonik olmayan yönlerini tam olarak deşifre etmeye yönelik teknik sınırlamalar hala mevcuttur. Bu tezde, model bir hücre hattında östrojen tarafından düzenlenen gen ekspresyon modellerini daha iyi anlamak amacıyla mRNA 3'uç çeşitliliğine odaklandım ve mRNA izoformlarının 3'uçlarının östrojene duyarlı değişikliklerini deşifre etmek için laboratuvarımızda oluşturulan 3'dizileme verilerini analiz ettim. Mikrodiziler ve RNA dizileme yaklaşımları, östrojenle ilişkili gen ekspresyon değişikliklerinin derinlemesine araştırmalarını yaparken, bu çalışmalar temel olarak bireysel genlere ve/veya kanonik izoformlara odaklanıyor. Ancak bu çalışmada östrojen tarafından düzenlenen genlere 3'uç perspektifinden ek ve yeni bir bakış açısı sağlıyoruz. Sonuçlarımız, uzun gen bölgelerinde östrojene duyarlı bir şekilde gözlenen erken transkripsiyon sonlanması olaylarını gösterdi. Keşfettiğimiz spesifik transkript sonlandırma bölgelerinde açık kromatin işaretlerindeki ve RNA polimeraz II (POLR2A) doluluğundaki azalma bize bir grup genin transkripsiyon sürecindeki potansiyel kesintileri düşündürdü. Araştırmamız ayrıca, tekrarlayan elementlerin, özellikle SINE'lerin (Short Interspersed Nuclear Element-Kısa Serpiştirilmiş Nükleer Elementler), östrojen stimülasyonunun 45 dakikasında intronik transkriptler oluşturan büyük gen intronları içinde zenginleştiğini ortaya çıkardı. Dizileme çalışmalarımız, intronik transkriptlerin erken ekspresyonu uzun süreli estrojen stimülasyonu sırasında azalırken, aynı genlerin tam uzunluktaki izoformlarının kademeli olarak artarak regüle edildiğini gösterdi. Bu intronik poliadenilasyon olaylarına ek olarak, MCF7 hücrelerinde E2 tarafından düzenlenen alternatif 3'UTR kullanım durumlarını da gösterdik.
Sonuç olarak, 3'uçlu dizileme perspektifimiz, transkripsiyonel dinamiklerde rol oynuyor gibi görünen ancak rapor edilmemiş intronik izoformların keşfedilmesine izin verdi ve gelecekteki deneysel çalışmalar için ön veriler sağladı. Bu bulgular bir araya gelerek östrojen tarafından düzenlenen transkripsiyonel dinamiklerin daha kapsamlı bir şekilde anlaşılmasına fayda sağlayacaktır.