SAFB’nin ER+ Meme Kanserinde Transkriptom Çeşitliliğine Katkısı

TÜBİTAK Projesi, 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı, 2025 - 2028

Proje Türü: TÜBİTAK Projesi
Destek Programı: 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı
Başlama Tarihi: Kasım 2025
Bitiş Tarihi: Kasım 2028

Proje Özeti

Scaffold Attachment Factor B (SAFB), transkripsiyonel baskılama, RNA kırpılması ve kromatin organizasyonu gibi çeşitli süreçlerde görev alan çok yönlü bir düzenleyicidir. SAFB’nin östrojen reseptörü (ER) sinyal yolağına bağlı transkripsiyon baskılayıcı etkileri literatürde tanımlanmış olsa da, ER+ meme kanserlerinde SAFB’nin RNA seviyesindeki çok yönlü etkilerinin ne olduğu henüz detaylı olarak aydınlatılmamıştır. Ön deneysel verilerimiz, ER+ meme kanseri hücre modelinde SAFB’nin mRNA olgunlaşması aşamasında poliadenilasyonda görevli olan temel proteinlerden biri olan CSTF2 ile fiziksel olarak etkileştiğini ortaya koymuştur. Bu etkileşim, SAFB’nin gen anlatımını yalnızca ER transkripsiyon faktörü üzerinden transkripsiyon başlangıcı aşamasında değil, aynı zamanda mRNA’ların 3’UTR (untranslated region) bölgeleri üzerinden de etkileyebileceğini düşündürmektedir. SAFB’nin çok yönlü düzenleyici görevleri değerlendirildiğinde, sadece luminal (ER+) meme kanseri hastaları için kötü prognozla ilişkilendirilmesi de ilginçtir. Bu verilere dayanarak hipotezimiz, SAFB’nin transkriptom çeşitliliğinde farklı rolleri olabileceği ve bu rollerin ER ile ilintili yolakları etkilediğidir. Proje önerisinde SAFB’nin CSTF2 ile etkileşiminin ER+ meme kanseri hücrelerinde mRNA izoform çeşitliliğini nasıl şekillendirdiğini anlamayı amaçlıyoruz. Çalışmamızda, uzun okumaya dayalı RNA dizileme (Nanopore) teknolojisini kullanarak SAFB’nin transkriptom izoform örgülerine olan etkisi (intron, ekzon sınırlarındaki değişimler ve farklı 3’UTR uzunluklarına sahip izoformlar açısından) transkript izoform düzeyinde tespit edilecektir. Doğrulama deneyleri ve biyoinformatik yaklaşımlarla SAFB üzerinden ER+ meme kanserinde transkriptomik çeşitliliğin nasıl şekillendiğine dair kapsayıcı bir örgü belirleyerek SAFB’nin sağ kalımla olan ilişkisine dair bilgi edinmek ve ileride kurgulanacak çalışmalarla da hormona duyarlı meme kanserleri için potansiyel yeni biyobelirteçler ve terapötik hedefler belirlemeyi hedefliyoruz.