CRISPR/Cas Temelli Genom Düzenlemelerini Kontrol Etmek ve Engellemek İçin Anahtar Proteinler ve Peptidler
Şeker U. Ö. Ş. (Yürütücü)
TÜBİTAK - AB COST Projesi , 2021 - 2024
- Proje Türü: TÜBİTAK - AB COST Projesi
- Başlama Tarihi: Nisan 2021
- Bitiş Tarihi: Ocak 2024
Proje Özeti
Önerilen proje kapsamında hızlı, güvenilir ve ucuz bir genom düzenleme tekniği olan CRISPR/cas yönteminin daha güvenli kullanımına yönelik olarak kontrollü biçimde genom düzenlemeyi sağlayacak ya da gerektiğinde istenmeyen genom düzenlemenin engellenmesini sağlamak amacıyla Cas12a proteininin aktivitesini bloke etme yeteneğine sahip peptit ve polipeptit yapısında ligand moleküllerin seçilmesi ve kullanılması amaçlanmaktadır. Bu bağlamda faj gösterim kütüphanesi kullanılarak Cas12 proteininin sgRNA ile oluşturduğu komplekse karşı bir seçilim yapılarak ligan peptitlerin saptanması, maya yüzeyinde gösterilen bir nanobadi kütüphanesi ile de aynı amaçla çalışan polipeptitlerin seçiliminin yapılması hedeflenmektedir. İki farklı kütüphaneden seçilecek olan ligandların, öncelikle in vitro testler Cas12a proteininin aktivitesine olan bloke edici etkisi incelenecektir. Sonraki aşamada ise seçilen ligandların çapraz etkinlikleri başka bir nukleaz olan Cas9 üzerinde tast edilerek, özgünlükleri saptanacaktır. Son aşamada ise hem memeli hem de bakteri hücrelerinde, seçilen ligandların aktiviteleri incelenecektir.
Proje kapsamında elde edilen çıktılar sayesinde literatürde ilk defa Cas proteinlerine karşı sentetik peptidik inhibitörlerin seçilimi yapılmış olacaktır. Hali hazırda literatürde var olan antiCRISPR sistemleri tamamen doğal olarak belirlenmiş ve türe spesifik olarak çalışmakta iken proje kapsamında evrensel olarak çalışabilen inhibitörlerin tasarımı yapılmış olacaktır. Bu bağlamda, çalışma sonrasında ticarileşme potansiyeline yönelik girişim ve çalışmalara ön ayak olunacaktır. Ayrıca önerilen projede fikrin ve çıktıların özgünlüğünün akademik olarak yüksek değerli çıktıları ortaya koyacağı da öngörülmektedir.