Investigation of protein products under different digestion conditions
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: DİLA BİLGEN
Danışman: Süreyya Özcan Kabasakal
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Proteomik, proteinleri niteliksel ve niceliksel olarak araştırır. Aşağıdan yukarıya proteomik yaklaşımı klinik biyobelirteç çalışmalarında yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu yaklaşım, proteinlerin çözündürülmesi, denatüre edilmesi, indirgenmesi, alkillenmesi ve proteolitik olarak parçalanması yoluyla proteinlerin peptitler halinde sindirilmesini içerir. Biyobelirteç çalışmaları bu adımları insan plazması ve serumu gibi çeşitli kaynaklardan elde edilen proteinlere uygular. Literatürde değişen reaktifler, reaktif konsantrasyonları, inkübasyon sıcaklıkları ve süreleri dahil olmak üzere birçok insan serumu ve plazma sindirim prosedürü vardır. Ancak değişen sindirim yöntemlerinin protein ürünleri üzerindeki etkilerine ilişkin bilgiler sınırlıydı. Bu çalışma, literatürdeki farklı sindirim prosedürlerinin özgün peptit seviyeleri üzerindeki etkilerini sistematik olarak araştırmaktadır. Başlangıçta, sindirim prosedürleri literatür aracılığıyla tarandı ve kullanım sıklıkları, reaktifler ve kullanılan konsantrasyonların yanı sıra inkübasyon sıcaklıkları ve enzimatik sindirim sürelerine göre filtrelendi. Literatür araştırmasını temsil eden on yöntem seçildi. Öncelikle parçalama prosedürünün etkileri spektrofotometrik yöntemler kullanılarak adım adım araştırıldı. Bu adımlar çözünürlük ve denatürasyon verimliliklerini, enzim aktivitelerini ve toplam peptit verimini içeriyordu. Daha sonra, bir insan kan proteini olan Alfa-2-Makroglobulin, seçilen on yöntem kullanılarak sindirildi. Özgün peptitler ve bunların türevleri, yüksek çözünürlüklü bir kütle spektrometresi kullanılarak analiz edildi. Seçilen on yöntemin sindirim verimliliklerini araştırmak için peptit formlarında bölünme verimliliği ve yapay modifikasyon oluşumu karşılaştırıldı. Bu çalışma, farklı sindirim prosedürlerinin protein ürünleri üzerinde farklı verimlilik ve etkiler gösterdiğini ortaya çıkardı.